实验采用传统分离鉴定技术和变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术对奶牛隐性乳房炎奶样微生物区系结构进行研究，了解细菌和真菌在奶样中的分布情况，探讨隐性乳房炎奶样中微生物区系结构对奶牛乳房炎治疗的影响，为奶牛乳房炎的治疗提供理论基础和实验依据；利用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术调查上海地区奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌基因型的分布情况，探究不同金黄色葡萄球菌分离株基因型和耐药性之间的关系，为金黄色葡萄球菌疫苗的研制及其乳房炎的防治提供依据。结果如下：引起奶牛隐性乳房炎的主要病原菌为大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、无乳链球菌、表皮葡萄球菌以及克雷伯菌。通过对大肠杆菌性乳房炎奶样进行DGGE追溯分析，发现乳房炎奶样中除大肠杆菌以外，还包括假单胞菌、芽孢杆菌、链球菌、沙雷氏菌、弧菌等其他致病菌以及一些非培养细菌，并且奶样中微生物区系结构与奶牛乳房炎的治疗时间有着紧密的联系，区系结构越复杂，治疗的时间就越长。奶牛隐性乳房炎奶样中霉菌感染率为8.05%，酵母菌感染率为2.30%。对真菌感染奶样中真菌群落结构分析显示，病原真菌包括曲霉属、酵母菌属以及青霉属三大类，每份奶样含有2-8种真菌不等，烟曲霉、黑曲霉和斜卧青霉广泛存在。63株金黄色葡萄球菌对各种常用抗生素均产生不同程度的耐药性，尤其对氨苄西林和阿莫西林已完全耐药，各个奶牛场菌株对不同抗生素的耐药性差异较大。63株金黄色葡萄球菌共分为9个基因型，其中以Ⅵ型为主，占总数的47.62%。各个奶牛场的基因型分布差异显著，Z奶牛场和D奶牛场基因型分布较平均，而W奶牛场和X奶牛场基因型分布较集中。对金黄色葡萄球菌的基因型和耐药性进行比较发现两者之间没有显著的相关性。