党在十九大报告中，特别强调实施“创新驱动发展战略”的重要性，为此习近平总书记提出了要加快一流大学、一流学科的建设。高校科研成果的增加，对经济的贡献与日俱增，对社会的影响日益加大，但在实际工作中，高校科研仍然存在资源浪费、效率低下等问题。因此，如何有效提升高校整体科研水平是社会关注和学者研究的热点。本文主要借助DEA模型对教育部直属高校进行研究，提出高校科研效率低下、地区发展不平衡的问题，然后通过多元线性回归模型分析影响因素，对提出的问题加以解决。　　本文在了解研究背景与意义之后，对我国高校科研绩效的现状以及相关理论进行阐述。在此基础之上，本文借鉴优秀专家的绩效评价指标体系，运用DEA法对教育部直属高校的科研绩效进行实证分析，研究发现半数以上的高校都存在技术效率无效的问题，尤其是在比较分析之后，发现不同地区的效率水平差异明显，东北、西部地区最为显著。为了进一步开发高校科研绩效的潜能，本文通过多元线性回归模型对影响因素进行分析，发现人力、财力的投入并没有促进绩效的提高，由此提出人才梯度规划、加强内控管理等建议。本文期望通过理论与实证研究相结合的方法，发现资源配置不合理的原因，为高校提高科研绩效实现均衡健康发展提供一定的科学依据。