柠条锦鸡儿CBF/DREB1转录因子cDNA全长的克隆及生物信息学分析

来源 :内蒙古农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ankang1989
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温度是制约植物生长及分布的重要生态因子之一,过低的温度会使植物受到伤害。低温是导致我国北方许多地方农作物减产的重要因素。当低温伤害发生的时候,CBF/DREB1 (C-repeat/dehydration responsive binding factor/ dehydration resistance element binding protein 1)基因被迅速诱导表达,激活各种抗寒机制及抗冻蛋白的转录翻译,有效阻止了低温对植物的伤害。本文利用简并RT-PCR和RACE方法首次克隆了柠条锦鸡儿(Caragana Korshinkii Kom)CBF/DREB1基因cDNA全长序列。该序列全长996bp,包括615bp完整的开放阅读框(ORF),124bp的5′UTR,246bp的3′UTR,加尾信号AATAAA及poly(A)11,起始密码子ATG,终止密码子TAA。对柠条锦鸡儿CBF/DREB1氨基酸序列的生物信息学分析表明,该蛋白属于CBF家族,具有AP2结合域,且AP2域的两端拥有CBF家族特有的PKK/RPAGRxKFxETRHP和DSAWR短多肽序列;有酸性氨基酸组成的潜在转录激活区域,存在核定位信号序列;无信号肽,无跨膜结构,具有CBF家族保守的α螺旋区域和β折叠区域,主要存在于细胞核中。通过对柠条锦鸡儿CBF/DREB1与其它植物来源的蛋白全序列及其AP2区域的比较发现:AP2区域在双子叶植物中高度保守,与柠条锦鸡儿CBF/DREB1亲缘关系最近的是大豆的GmCBF和劳豆的GsCBF,其次是Medicago truncatula的MtCBF2和MtCBF3,蛋白序列同源性依次为68.9%、68.5%、62.5%和61.6%。
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