每个生命体都拥有复杂的生命过程,这有赖于生物体内复杂的调控网络。蛋白质作为生命活动的主要承担者,研究单个蛋白质是如何行使功能已经不能满足我们系统认知生命的需求,其调控通路的研究尤为重要。随着生物技术的不断发展,蛋白质相互作用以及蛋白质互作组学已经成为近年来研究的热点。杂种优势是玉米生产中广泛应用的重要生物学现象之一,利用该系统可以从蛋白水平上初步了解杂种优势的分子机制,有助于更好地在玉米育种中应用杂种优势。在本研究中,我们从B73、Mo17及其杂交子代F₁中提取了V4（即第四片叶完全展开）时期叶片的m RNA,并进行了反转录实验,并构建酵母Bait文库及Prey文库,分别利用二代测序方法及三代测序方法获得B73、Mo17、F₁的蛋白互作对并绘制网络图谱,并进行比较。具体结果如下:1.通过分析B73、Mo17、F₁的这三种V4时期叶片组织的m RNA-seq,分别检测获得的基因数目为25,674、25,359、28,268（TPM>0）。根据提取的m RNA进行反转录实验,构建B73、Mo17、F₁的c DNA-AD文库和c DNA-BD文库,分别检测到B73-c DNA-AD含有13,914个基因,B73-c DNA-BD含有21,137个基因,Mo17-c DNA-AD含有15,067个基因,Mo17-c DNA-BD含有7,695个基因,F₁-c DNA-AD含有16063个基因,F₁-c DNA-BD含有20,162个基因。同时DSN均一化能有效降低基因表达量不同造成的误差。2.根据前期实验获得的自激活二代测序数据,我们分别在B73、Mo17、F₁自激活数据中找到了2,464、1,865、1,754个可能的自激活基因,通过划分阈值最终在B73、Mo17、F₁中筛选获得了1,090（44.2%）、883（47.3%）、693（39.5%）个可信度较高的自激活基因。3.利用F₁的二代测序数据与三代测序数据结果进行生信分析。比较两种方法获得的有效reads的占比,并分别分析二代测序方法和三代测序方法的数据,获得了60,790和44,320个蛋白互作对,消除自激活基因后确定二代测序方法可以得到7,708个置信度较高的蛋白互作对,三代测序方法可以得到4,674个置信度较高的蛋白互作对。4.利用分析得到的蛋白互作对数据生成了B73、Mo17和F₁ 3个PPI网络。结果表明,F₁的调控复杂性远高于B73（p<2.2e-16,Wilcoxon检验）和Mo17（p<0.04616,Wilcoxon检验）,表明杂种优势可能与F₁独特的蛋白与蛋白调控途径有关。综上,本研究在玉米中成功建立了一套高通量蛋白与蛋白互作的鉴定系统（成熟的实验流程与自动化的生物信息分析软件）,利用该系统初步对一组玉米经典杂交种材料（B73、Mo17及其杂交子代F₁）的V4时期叶片的蛋白互作网络,并发现F₁相对于双亲具有更加复杂的蛋白调控关系。