序列比对是现代生物信息学中一个最基本的研究课题。通过多序列比对,可以预测新序列的结构和功能,分析序列之间的同源关系,以及进行系统发育分析。目前还没有一个最佳的多序列比对算法,本文提出一个新的算法MWPAlign解决全局和局部的多序列比对问题。本文首先介绍了序列比对涉及的基本问题:空位罚分,替换矩阵和比对结果评价标准。然后研究了双序列精确比对算法:动态规划算法,并具体实现了基于动态规划方法的双序列全局和局部比对算法。在多序列比对中,主要对基于渐进方法构建的多序列比对算法ClustalW和基于图论的多序列比对方法POA进行了深入的分析。主要研究取得的成果如下:①通过对图论中的de Bruijn图和基于欧拉路径算法的序列装配方法进行了深入研究分析,本文提出了基于最大权值路径算法的全局DNA多序列比对方法。对这个方法进行实验分析,并和现有算法进行了比较,其时间复杂度优于现有方法,并且对于大量变异率低于5.2%的序列,比对结果优于ClustalW,T-Coffee和HMMT,因此证明本算法是有效的多序列全局比对算法。②通过对局部比对中的declumping算法和泊松分布在序列比对结果评估中的应用进行了深入研究,对上述最大权值路径算法进行了扩展,提出了基于最大权值路径算法的局部DNA多序列比对方法,通过对模拟序列应用本算法,结果证明了本算法的是有效的多序列局部比对算法。本文的研究内容是生物信息学中创新的多序列比对算法,经过具体的实验分析及比较,其生物敏感性及运算效率都较现有方法有所提高。