随着2016年以来“两票制”医药改革政策的逐步落实,医药流通企业的发展面临巨大变化,机遇与挑战并存。医药流通行业进入结构调整期,行业集中度不断提高,流通层级的逐步压缩,销售利润的下降和物流技术的创新,使医药流通企业面临新模式、新业态、新技术的挑战,企业管理能力和成本控制能力受到严峻考验。在新的形势下,我国医药流通市场竞争愈演愈烈,财务风险已对企业正常的经营管理造成巨大的隐患。在这样的情境下,如何控制医药流通企业的财务风险,建立财务风险评价体系对企业的稳定发展显得尤为重要。论文首先对国内外相关文献进行梳理,对财务风险的内涵、评价方法和医药流通企业面临的财务风险进行了全面、透彻地了解研究。其次结合“两票制”下医药流通企业发展现状进行分析,发现“两票制”对医药流通企业整体产生了巨大影响,对财务风险的影响尤甚,并在此基础上结合实际影响财务风险的因素,从偿债、营运、盈利、发展能力四个方面选择作为财务风险评价的指标层级,共计选取了12个财务指标,运用层次分析法确定财务指标权重,并结合改进后的功效系数法建立医药流通企业财务风险评价模型,并对风险评价等级进行了划分。最后将所选企业南京医药带入财务风险评价模型进行测试。南京医药的财务风险评价结果表明其在“两票制”实施的近三年间存在中等财务风险,分析其单项指标发现存在负债规模较大,资本结构不合理,存货和应收账款管理不善等问题。最后,对南京医药提出四方面的财务风险控制对策,即:优化融资并调整资本结构、加强应收账款占用管理、加强存货管理的内部控制,完善财务风险评价机制。希望能够为“两票制”背景下我国医药流通企业在财务风险的评价方面提供借鉴。