蛹虫草Cordyceps militaris作为一种药食同源真菌,目前未全面系统地研究其居群线粒体基因组遗传多样性与遗传变异式样。本研究以云南7个不同地理来源的蛹虫草居群为研究对象,开展蛹虫草居群线粒体基因组测序分析,揭示云南蛹虫草居群线粒体基因组遗传变异式样,探讨蛹虫草居群在线粒体基因组水平的遗传分化,为蛹虫草生物多样性可持续利用提供数据参考。本研究对云南蛹虫草7个居群37个菌株进行线粒体基因组测序分析,包括昆明市双龙乡野鸭湖居群（YYH）、楚雄市紫溪镇紫溪山居群（ZXS）、大理市巍山县卫东林场居群（WS）、大理市弥渡县太极顶居群（MD）、大理市苍山县中和峰居群（CS）、昭通市昭阳区晋安乡松衫村居群（ZT）及香格里拉市虎跳峡镇居群（ZD）,分析7个居群蛹虫草线粒体基因组遗传分化,以及线粒体基因组不同基因区域核苷酸变异式样,探讨线粒体基因组进化机制。通过注释蛹虫草线粒体基因组15个蛋白编码基因（PCGs）,探讨蛹虫草不同居群线粒体基因组遗传关系。同时,解析蛹虫草居群线粒体基因组遗传结构,利用蛹虫草7个居群线粒体基因组遗传多样性参数、遗传距离聚类图谱和单倍型网络图,揭示云南地区蛹虫草居群遗传分化与地理距离之间的关系,探讨蛹虫草居群进化历史。主要研究结果如下。（1）云南蛹虫草7个居群37个菌株线粒体基因组大小在26,855–39,695 bp之间,发现15个蛋白编码基因序列共有14,379个位点,各蛹虫草居群碱基对含量表现出明显的AT偏移。蛹虫草7个居群菌株之间线粒体基因组的内含子数量不同,具有显著的内含子丢失和嵌入多态性,是导致其线粒体基因组大小变化的重要原因之一。不同居群线粒体基因组基因间隔区区域核苷酸变异程度较高,外显子和内含子区域的核苷酸变异程度较低。（2）线粒体基因组遗传距离聚类分析结果显示,云南蛹虫草7个居群37个菌株形成7个独立分支,且7个居群独自聚为一支;其中,位于滇中地区的昆明市双龙乡野鸭湖居群（YYH）和楚雄市紫溪镇紫溪山居群（ZXS）聚在一起形成姐妹分支,位于滇西北地区的大理市苍山县中和峰居群（CS）和香格里拉市虎跳峡镇居群（ZD）聚在一起形成姐妹分支。这些结果表明,云南蛹虫草7个居群线粒体基因组遗传分化与地理距离存在相关性。这些结果表明,云南蛹虫草7个居群线粒体基因组遗传分化与地理距离存在相关性。（3）基于居群线粒体基因组15个蛋白编码基因序列进行的居群遗传多样性分析结果如下显示:核苷酸多态性位点（S）154个;,32个单倍型（h）32个;核苷酸多样性（Pi）值为0.00271单倍型多样性（Hd）值为0.983;,单倍型多样性（Hd）值为0.983核苷酸多样性（Pi）值为0.00271。香格里拉市虎跳峡镇（ZD）与昭通市昭阳区晋安乡松衫村居群（ZT）间遗传距离最大为0.00517,大理市巍山县卫东林场居群（WS）和大理市弥渡县太极顶居群（MD）间遗传距离最小为0.00045,居群间地理距离与遗传分化具有一定的正相关性。分子方差分析（AMOVA）结果表明,居群线粒体基因组遗传变异来自于居群间,变异值为84.54%（P＜0.05）;居群内菌株间线粒体基因组遗传变异来自于居群内菌株间,值为15.46%（P＜0.05）。居群线粒体基因组单倍型分支网络图呈星状放射结构,7个居群间单倍型种类和分布有明显差异,不同地理来源的居群具有显著差异性。以上结果暗示,云南蛹虫草居群线粒体基因组遗传分化剧烈。同时,居群线粒体基因中性检验Tajima’s D、Fu’s Fs值和错配分析结果表明,蛹虫草居群在历史进化过程中保持稳定,没有经历向外扩张现象。