制药工业是国家环保规划要重点治理的12个行业之一。环保部、国家发改委等七部委在2013年下半年开展全国整治违法排污企业保障群众健康环保专项行动，以全面排查整治医药行业环境污染问题等三项任务为重点，加大对重点区域、行业、企业监督检查力度。通过建立清洁生产指标体系可以综合评价企业实施清洁生产的程度和水平，衡量企业在国内和国际上所处的位置，并针对企业存在的问题提出相应的清洁生产措施和管理制度，为企业持续开展清洁生产提供理论依据。随着我国清洁生产工作的深入开展，建立科学的清洁生产评价指标体系非常必要。本文以化学合成类制药行业企业为研究对象，建立了化学合成类制药行业清洁生产指标体系，主要内容包括：(1)通过对化学合成类制药行业企业清洁生产情况的实地调查研究以及查阅资料等方式，了解企业清洁生产水平和问题，依据《清洁生产评价指标体系编制通则》，构建了包含有资源能源消耗指标、资源综合利用指标、污染物产生指标、生产工艺及装备指标、产品特征指标和清洁生产管理指标6个一级指标26个二级指标的化学合成类制药行业清洁生产指标体系。(2)通过研究化学合成类制药工业水污染物排放标准的编制说明，国家、行业、地方在有关政策、统计、标准、规划等文件中对指标的要求以及国内化学合成类制药行业企业指标，确定了化学合成类制药行业清洁生产指标体系三级基准值。(3)将层次分析法和德尔菲法相结合，并利用yaahp软件进行计算，确定了化学合成类制药行业清洁生产指标体系各个指标的权重。(4)用所建立的化学合成类制药行业清洁生产指标体系对三个案例企业清洁生产水平进行评价，结果表明：初步证明该指标体系可行，可为化学合成类制药行业实施清洁生产审核及企业自身潜力挖掘提供参考。