明朝末年,面对国家出现的种种危机,一大批爱国思想家应运而生。黄宗羲、顾炎武、颜元等皆从民主思想、权力制度、角度来解构专制,试图挽救明朝危局,然他们所提出的理论超前于当时所处时代,最终只得落个隐居山林著书立说的下场。与同一时期的朱舜水相比,他们在理论运用和思想传播方面远远落后。和这些人直接着眼“封建专制制度弊端”这一中心论述思想不同,朱舜水试图在学术、教育上来对当时士人进行启蒙思想教育。尤其在明亡后,爱国思想家纷纷不仕、不与清政府合作,多数人思想在清政权巩固后受到打压,这些富有时代性的学说逐渐销匿沉寂。而朱舜水已然于明弘光后去倭瀛,在那里开学讲经、传播学术教育思想,学说得以保存下来,并对日本产生了一定影响。朱舜水学术教育思想的形成是和明末所处的时代背景、学术教育思想风潮以及东渡东瀛后的日本学术现状的历史合力下形成的。之后经过他在日本的徒弟安东省庵等的提炼、丰富,最终形成了具有日本本土特点的学术教育思想——重实利功主义、先秦孔孟之道的儒学观、兼容并蓄的治学理念。朱舜水学术教育思想最终在日本形成,并形成了胜于国内的对外影响力。朱舜水通过启蒙他的追随者对日本本土化教育进行转化。在汉籍门类上如《性理大全》、《四书考经》、《毛经史略》、《五经涛训》等在中国当时新近刊发的书籍也在日本流行开来,这是朱舜水进行日常教学的参本。汉籍的大量传入日本,依托学术经典以及由其支撑而成的理论框架,逐渐构建属于本国化的自身理论体系,拥有学术结构的学派自此而形成。朱舜水学术教育思想的核心“主义”使他的文学主张具有很强的功利性。他倡导从古文中获取益世、益国的功效,空谈、无实的理学、心学是需要改造和杜绝的。在古文题材内容上,朱舜水复古主张主要表现在政论文、信笺与文学古文理论上。较中华王朝而言,日本日本文学的改造要易于中国,所受封建专制阻碍较轻。除此之外,朱舜水之学术主张对水户学的建立和《大日本史》治史功业的形成都有很大的关联,也是中日学界近十多年来关注探讨的焦点问题。在水户学建立方面和《大日本史》修订上正是受到朱舜水学术教育思想和在其思想影响下日本士人教育趋于大众化、实用化下而形成的。朱舜水学术教育与稍晚于一世纪的兰学并称为日本德川时期两大学术传播潮流。对启发尚未开化的日本民智、重拾日本国民的学术教育、促进中日文化交流有着重要影响力。同时还促进了日本士人学术教育思想意识形成、日本宗教信仰观的确立和日本礼仪教育的发展。并为之后兰学的传播、明治维新等日本重要历史事件奠定了一定的思想基础。由此可见经过改造后具有日本本土特色的朱舜水学术教育思想在日影响力尤甚。朱舜水著述和学术教育思想核心大多在日本形成,其学术教育思想中“为学之道,一曰近里者己、二曰有益天下国家”是日本古儒学派的信条,“娴习艺事、有巧思”的学术主张促进了日本文化艺术的融合,此后兼及中国技艺的茶道、武士道、剑道逐渐成为日本文化的象征。“复识忠君爱国、出治临民”是以武士为基础力量的幕府统治的政治纲领。朱舜水的这些学术教育思想作为日本士人民族特质的基础影响至今。