创新是国家核心竞争力的重要组成。高校作为重要的创新主体、作为国际科技研究与合作交流的主要阵地,多年来在提高自身创新能力方面一直做着不懈的努力；同时,高校也是国家进行科技创新和人才培养的重要力量。然而由于各高校情况不尽相同,其在教学与科研中的创新活动效率也不同。此研究可以帮助高校对已有资源进行合理分配,为高校创新体制的建设完善提供参考。首先本文对高校创新效率理论作出阐述,并对创新效率相关评价模型进行了研究,在此基础上构建了基于SFA方法的创新效率评价模型。然后,本文在实证分析部分,应用随机前沿分析法(SFA)对5个部委(国家民族事务委员会、工业和信息化部、教育部、中国民用航空局、国务院侨务办公室)下属高校的创新效率进行了研究。在此过程中,本文将各部委下属高校作为一个独立的的评价决策单元,测评了这5个部委下属高校2010年到2014年间的创新效率,分析了创新效率测评结果的影响因素。实证分析发现：与创新资本投入相比,创新人力资源投入对部委高校创新活动成果有更重要的推动作用；与将知识转化为科研成果相比,部委高校在将科研技术成果转化为市场价值时存在更多的无效率项因素；教育部高校在将知识转化为科研成果时更具有创新优势。进一步分析创新效率影响因素时发现：部委高校现有的R&D项目结构对市场经济价值具有正向推动作用；而国际交流有利于创新科研成果的产生；高校在创新成果市场价值转化方面,有进一步的提升空间。总体来讲,高校可充分发挥学科、人才等综合优势,综合提升创新活动的效率。最后,本文从高校创新活动的投入、产出、创新环境三方面的视角,提出了有利于我国高校创新效率提升的对策建议。