鸟类作为脊椎动物亚门的一纲,种类有9000多种,是脊椎动物中品种最丰富的类群。当下普遍关注鸟类形成发展过程和系统进化关系,但在某些层面存在分歧,单纯的依靠研究动物外形状态很难进行区分。由于线粒体DNA拥有严格母系遗传、简单的搭配构造、进化速度快、DNA变异速率高的特性,在研究脊椎动物的系统发育、分类中具备重要作用。研究各物种mt DNA序列的演化历史和遗传信息的构成,可为确定物种发育地位、保护遗传资源提供依据。目前在美国国家生物技术信息中心只公开了鸟类线粒体280多种全基因组序列,与庞大的物种品种总数相对比,数量特别稀少。此次研究过程中,通过测序、搭建手段、聚合酶链式反应第一次获得佛法僧目(Coraciiformes)白胸翡翠(Halcyon smyrnensis),普通翠鸟(Alcedo atthis)和斑鱼狗(Ceryle rudis)3种鸟类线粒体全基因组序列。其长度在17,892 bp-17,223 bp之间,在结构特性、组成成分拥有相似性:(1)编码蛋白质的序列为13个、rRNA序列为2个、t RNA序列为22个,非编码控制区为1个,L链中具备蛋白基因1个和t RNA8个,剩余的在H链中;(2)线粒体基因组的A+T百分比分别是55.15%、55.26%和54.30%,G+C含量分别为44.85%、44.74%和45.70%,拥有AT碱基偏向;(3)可将控制区划分为3个区(Domain I–III),涵盖了保守序列区、复制终止TAS相关序列、双向启动子和重链复制起始等;(4)三种鸟类的ND3基因中位于174位点为一个“C”,该情况也出现在古颚总目某些物种之中;(5)三种鸟类的控制区Domain III均有不同程度的串联重复序列;这些特点都符合鸟类线粒体基因组的结构特征。实验涉及佛法僧目,目前本目的线粒体全基因组序列信息较少,结合先前对佛法僧目的研究结论涉及的相关7个目共17个物种的数据对佛法僧目的系统发育关系进行了分析。以红原鸡(Gallus gallus)作为外群,用贝叶斯法(BI)构建的系统进化树显示:(1)佛法僧目是一个单系型;(2)在佛法僧目中,把普通翠鸟划归翠鸟科,斑鱼狗和冠鱼狗划归鱼狗科,赤翡翠、白眉翡翠、蓝翡翠和白胸翡翠划归笑翠鸟科,三宝鸟划归为佛法僧科(后验概率值为1.00);(3)鴷形目、鸮形目、雀形目、鹦形目和佛法僧目有共同祖先;(4)咬鹃目从佛法僧目独立出来成为一个单系。我们的结果支持了之前发表的佛法僧目分子系统发育部分相关研究结论。本论文研究为进一步进行鸟类分子系统发育研究提供了线粒体基因组序列数据,并证明在分子系统发育研究中线粒体全基因组序列信息的有效性。