长鳍吻鮈(Rhinogobio ventralis Sauvage et Dabry)主要分布于金沙江、岷江、雅砻江、沱江、乌江下游、嘉陵江中下游以及长江上游干流等流域,是一种习惯于在急流险滩、乱世交错的江河底层等黑暗水环境活动的底栖小型鱼类,属典型的流水性种类。长鳍吻鮈又俗称土耗儿,为我国长江上游特有物种,属于“长江上游珍稀特有鱼类国际级保护区”保护名录中66种特有鱼类之一。近些年来,长江上游各大型梯级水利工程的相继建设,人类过度捕捞与开发利用,长鳍吻鮈种群自然资源量呈急剧下降趋势。从物种价值及其受威胁程度评估发现,长鳍吻鮈已达3级急切保护状,被列为低危鱼类。对此,国内多家增值放流站已将长鳍吻鮈列为增值放流对象,对长鳍吻鮈驯化养殖与人工繁殖技术等方面的研究日益受到重视。本文以长鳍吻鮈为主要研究对象,通过筛选出的多态微卫星位点构建了长鳍吻鮈微卫星荧光多重PCR体系,并将其用于长鳍吻鮈野生亲本种群的遗传特性分析,同时建立了基于微卫星荧光多重PCR的长鳍吻鮈亲子鉴定技术,旨在为长鳍吻鮈人工繁殖、家系管理以及增值放流效果评估等工作提供理论依据和技术支持。其主要研究结果如下:(1)长鳍吻鮈微卫星荧光多重PCR技术的建立与优化从NCBI基因文库中获取了长鳍吻鮈70个微卫星序列,并根据已报道的相应微卫星位点选取33个多态性相对较高的位点合成引物,在12个野生长鳍吻鮈个体中进行PCR扩增,产物经非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳以及银染法检测后,挑选出多态性较高、扩增效果最好的15个微卫星位点用以开发多重PCR体系。通过对退火温度以及对反应体系中可能影响多重PCR扩增效果的因素分别进行了优化,本实验最终建立了5组微卫星荧光多重PCR(组合A、B、C、D和E),每组含有3个微卫星位点。(2)基于微卫星标记对长鳍吻鮈泸州野生亲本种群遗传多样性的评估利用长鳍吻鮈15个多态位点及其所构建的微卫星荧光多重PCR技术,对长江上游泸州江段采集的40尾长鳍吻鮈野生亲本群体进行遗传多样性评估以及遗传结构分析。结果共检测到等位基因数为234个,平均等位基因数为15.600,单个位点等位基因数为5(REN02)―23(REN17、RVE-13);多态信息含量为0.729―0.940,平均多态信息含量为0.872;期望杂合度为0.77825―0.95506,平均期望杂合度为0.89600;观测杂合度为0.55263―0.97500,平均观测杂合度为0.82691,表明种群遗传多样性处于较高水平。近交系数为-0.06283―0.29267,平均值为0.07961(P=0.00000±0.00000)。微卫星位点之间未出现显著的连锁不平衡现象。除位点REN16、RV-8、REN34、RVE-13和REN02外,其他位点均显著偏离哈迪-温伯格平衡(P<0.05)。利用Structure软件聚类分析表明该长鳍吻鮈种群未出现遗传分化。瓶颈效应检测结果表明该长鳍吻鮈种群个体数量有所下降,近期经历了严重的瓶颈效应。(3)基于微卫星荧光多重PCR的长鳍吻鮈亲子鉴定技术的建立及子一代遗传特征评估利用长鳍吻鮈15个多态位点及其所构建的微卫星荧光多重PCR体系,建立了鳍吻鮈亲子鉴定技术。结果显示,无论亲本基因型是否已知,其累积排除概率均大于99.99%;当仅使用多重PCR组合A、B和C时,在双亲基因型未知和单亲基因型已知的情况下,其累积排除概率分别为99.83%和99.99%,因此可以认定亲本和子代之间存在亲子关系。研究结果表明15个多态微卫星标记所构建的长鳍吻鮈微卫星荧光多重PCR亲子鉴定技术是可靠的。对长鳍吻鮈人工繁殖子一代群体遗传多样性评估结果显示,共检测到的等位基因数为98个,平均等位基因数为6.533,单个位点等位基因数为4―10;多态信息含量为0.579―0.879,平均多态信息含量为0.730;期望杂合度为0.606―0.894,平均期望杂合度为0.766;观测杂合度为0.458―1.000,平均观测杂合度为0.808。表明长鳍吻鮈F1子代群体的遗传多样性较高。F1子代群体总近交系数(FIT)为0.01469,单个群体内近交系数(FIS)为-0.31731;任意两个群体间的遗传分化指数(FST)为0.25203。表明长鳍吻鮈F1子代的整个群体存在一定的近交现象,而单个群体内未出现明显近交现象;3个F1子代群体之间出现了不同程度的遗传分化,遗传距离较远。与长鳍吻鮈野生亲本种群相比,F1子代群体遗传多样性相对较低。