miRNA-200c在乳腺癌中的表达及其调控基因网络的筛选

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微小RNA(microRNA,miRNA/miR)是一类19-25个核苷酸组成的非编码小RNA,能与靶mRNA互补配对调节基因表达,导致翻译抑制或mRNA降解。因其在肿瘤发生、发展过程中扮演的促癌/抑癌因子的作用,miRNA受到越来越多的关注。目的:分析miR-200c在乳腺细胞株及乳腺病变组织中的表达;筛选miR-200c调控的基因网络与信号通路。方法:实时荧光定量RT-PCR方法检测12个乳腺细胞株中miR-200c的表达;原位杂交方法分析miR-200c在不同乳腺疾病中的表达;mRNA表达谱生物芯片与生物信息学软件对miR-200c mimic转染的4个乳腺癌细胞株mRNA表达芯片数据进行分析,筛选差异表达基因及其相关信号通路;免疫组化验证miR-200c预测靶点EDNRA在乳腺疾病组织芯片中的表达。结果:1)实时荧光定量RT-PCR结果显示,4个高度恶性乳腺癌细胞株(BT549、HS578T、MDA-MB-231、SUM159PT)中miR-200c的表达较6个低度恶性细胞株(BT474、MCF7、MDA-MB-468、SKBR3、T-47D、ZR-75-1)和永生化正常乳腺上皮细胞株(MCF10A、MCF12A)中为低(p<0.01)。2)乳腺疾病组织芯片原位杂交结果显示,36例正常与良性乳腺病变中,27例表达阳性;36例乳腺癌中,18例表达阳性。miR-200c的表达在正常、良性乳腺病变组织中的表达明显高于乳腺癌(p=0.028)。3) mRNA表达谱芯片分析结果显示,与mimic control转染组比较,miR-200cmimic转染的BT549、HS578T、MDA-MB-231和SUM159PT细胞株中分别有1160、1731、1579和1630个基因表达下调(倍数值≤-1.25)。任意3个转染细胞株中的共下调基因与5个miRNA调控靶点分析系统(TargetScan6.2、miRDB、PicTar、microrna.org和DIANA LAB)预测的miR-200c调控基因综合比较,获得45个交集基因。4)生物信息学分析显示45个差异表达基因相关信号通路包括G13信号通路、突触传递(synaptic transmission)信号通路、神经冲动传递(transmission ofnerve impulse)信号通路、转录负调控(negative regulation of transcription)信号通路和细胞内代谢负调控(negative regulation of cellular metabolism)信号通路等;不同的信号通路可以通过共调基因相互联系;在特定的信号通路中,共调基因间也存在密切的相互联系。5) miR-200c预测靶蛋白EDNRA免疫组化分析显示,36例乳腺癌标本中17例表达阳性(47.22%),明显高于癌旁正常组织与良性乳腺病变中EDNRA的阳性表达(16.67%),其表达量与乳腺病变恶性度相关(p=0.005)。部分组织切片的EDNRA免疫组化与原位杂交结果相互比较,发现EDNRA的表达与miR-200c的表达相反,提示EDNRA可能是miR-200c的调控靶点。结论:1)相较于正常、低度恶性细胞株,miR-200c的表达在高度恶性乳腺癌细胞株中明显下调。2) miRNA原位杂交方法在组织标本上的应用,能定性并半定量反映miRNA的表达情况。乳腺疾病组织芯片的miR-200c原位杂交分析结果提示其可能参与乳腺癌病变的发生、发展。3)以高通量生物芯片分析为基础,运用生物信息学手段,建立的多元化筛选乳腺癌恶性表型相关miR-200c调控的基因网络与信号通路的方法,为后续广泛而深入的机制研究提供了便利。
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