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本研究借助在柱头外露率、籽粒外观品质等性状有极其显著差异的两个水稻亲本粤泰B（YTB）和台湾热带粳稻花莲20（HL20），构建了2000株F2分离群体。分析了柱头外露率、粒长、粒宽、粒型、垩白等10个的农艺性状的遗传变异，构建了分子连锁图谱并进行QTL（Quantitative trait loci）定位，主要结果如下：
1）各性状遗传学分析结果显示，谷长、谷宽和谷长宽比、米长、米宽、米长宽比在YTB/HL20 F2分离群体中的众数都接近中亲值，均表现为显著水平的正态分布。柱头外露率，垩白率、垩白大小和垩白度显示非正态分布，偏度和峰度偏高。
2）构建了包含47个SSR（Simple Sequence Repeat）标记，10个ILP（Intron length polymorphisms）标记的分子连锁图谱，涵盖水稻1、2、3、4、5、6、8等7条染色体，共计784.6cM，标记间平均遗传距离为13.8cM，相邻标记间最大遗传距离42.8cM，最小2.4cM。
3）共定位到柱头外露和籽粒外观性状相关的QTLs38个。其中控制柱头外露率的QTL6个，位于第6染色体上，对表型变异的贡献率为8.36％；与谷长相关的QTL3个，分布在3条染色体上，对表型变异的贡献率分别为5.56％、9.14％、9.24％；与谷宽相关的QTL7个，分布在3条染色体上，对表型变异的总贡献率为48.47％，其中第2和第6染色体上的贡献率最大，分别为14.54％、12.24％；与谷长宽比相关的QTL7个，分布在4条染色体上，对表型变异的总贡献献率为41.83％，其中第2染色体上的贡献率最大，为7.7％；与米宽相关的QTL5个，分布在3条染色体上，对表型变异的总贡献率别为35.68％，其中第2染色体上的贡献率最大，为13.07％；检测出米长宽比宽相关的QTL9个，分布在3条染色体上，对表型变异的总贡献率别为61.02％。其中第2染色体上贡献率最大的为11.82％；与垩白率相关的QTL3个，分布在2条染色体上，对表型变异的总贡献率别为24.25％，其中第5染色体上贡献率最大的为17.3％；与垩白大小相关的QTL2个，均位于第6染色体上，对表型变异的贡献率分别为15.85％、12.53％；与垩白度相关的QTL1个，位于第6染色体上，对表型变异的贡献率为13.46％。
4）对第5染色体上两标记RI01629-RM18157进行in silico分析，结果发现两个基因（A2Z667_ORYSI和iaal7）可能参与籽粒灌浆的调控并与垩白的形成相关。