原发性开角型青光眼患者ABCA1基因编码区稀有变异的筛查与研究

来源 :成都中医药大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:maomao1983520
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目的:原发性开角型青光眼(POAG)是全球重要的致盲性眼病,ABCA1基因是POAG的易感基因之一。本研究通过对POAG患者ABCA1基因编码区变异进行检测与分析,筛选ABCA1基因稀有非同义变异,探讨其在POAG患者中的分布情况。方法:自2017年3月到2018年3月,共招募到散发型POAG患者398例和健康个体198例,采用全外显子测序(WES)技术对ABCA1基因50个外显子区进行测序,对在POAG患者中筛选出来的ABCA1基因稀有变异位点进行Sanger测序验证,并在健康人群中进行频率验证。对这些ABCA1基因稀有变异进行生物信息学分析与统计学分析,并根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)遗传变异分类标准与指南对稀有变异进行分类。结果:1.ABCA1基因WES结果:在398例POAG患者中,共27例检出ABCA1基因稀有变异(MAF<0.01),共21个稀有变异位点,包括19个错义变异、1个无义变异(c.2725C>T(p.Arg909X))以及1个移码变异(c.15071508insGAGGT(p.Glu503GlyfsX7)),均为杂合变异。其中有4个变异为首次报道:c.4310C>A(p.Thr1437Asn)、c.3772G>T(p.Asp1258Tyr)、c.775A>G(p.Lys259Glu)和c.15071508insGAGGT(p.Glu503GlyfsX7)2.Sanger测序验证结果:在POAG患者中检出的21个ABCA1基因稀有变异中,有1例样本中检出的c.1486C>T(p.Arg496Trp)未得到验证,其余样本检出的变异位点均得到Sanger测序验证。3.POAG患者和健康人群ABCA1基因检测结果比较:在398例POAG患者中,ABCA1基因稀有变异检出率为6.5%(26/398)。在198例健康人群中,ABCA1稀有变异检出率为2.5%(5/198),低于POAG组的6.5%,差异具有统计学意义,ABCA1基因稀有变异为POAG发病的危险因素(P<0.05,OR=2.70)。4.ABCA1基因稀有变异生物信息学分析:POAG患者检出的稀有变异中,有12个变异位点在不同物种的ABCA1蛋白中高度保守;有7个变异经软件预测结果为有害;变异分布最多的区域为ABCA1蛋白的胞外域。根据ACMG遗传变异分类标准,有8个变异被划分为可能致病的位点:c.3772G>T(p.Asp1258Tyr)、c.15071508insGAGGT(p.Glu503GlyfsX7)、c.2725C>T(p.Arg909X)、c.2518T>C(p.Trp840Arg)、c.2471C>T(p.Ser824Leu)、c.2014C>T(p.Arg672Trp)、c.1826C>T(p.Thr609Met)和c.1040A>G(p.Tyr347Cys);其余12个变异则被划分为意义不明确的位点。结论:1.POAG患者和健康人群中的ABCA1基因稀有变异检出率存在统计学差异,揭示了ABCA1基因的稀有变异与POAG发病存在一定关联性。2.本研究在POAG患者中检出了ABCA1基因稀有变异,其中包括4个首次报道的变异位点,结果丰富了ABCA1基因的变异谱。
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