没收违法所得、罚款是我国反垄断法对达成并实施垄断协议、滥用市场支配地位行为的主要规制手段。就目前来说,罚款已有较为成熟的理论基础、较为丰富的实践经验。相较之下,没收违法所得制度的发展虽说经历了从“无”到“有”的过程,但还未能实现从“有”到“优”的转变。理论上,对于反垄断法行政责任的设置,仍存在是以没收违法所得、罚款并处,还是以罚款单科的争论。实践上,仅是适用罚款而对没收违法所得弃之不用的现象比比皆是,难免有遗漏处罚内容、威慑不足之嫌,亦难以实现对受害人的救济。即便是适用了没收违法所得,诸多处罚决定文书也未能就没收与否的范围,违法所得的计算依据、追缴与处置以及没收违法所得与其他救济措施的协调等问题形成比较一致的思路、意见。理论、实践就没收违法所得的适用困惑,无益于预防、制止垄断行为、维护各方利益以及促进市场经济健康、高速发展。故而有必要对反垄断法没收违法所得制度适用进行探讨、完善,以实现立法之初衷。本文探究反垄断实践现状、存在的问题,梳理、归纳国内的其他部门法、域外的反垄断法的理论、实践经验,对反垄断法行政责任是否应保留且继续适用没收违法所得,以及制度应如何具体落实等问题进行回应。首先,应当坚持在反垄断法行政责任中保留、适用没收违法所得。从理论上来说,没收违法所得、罚款并处相较单科罚款更能灵活应对复杂多变的现实状况、实现“最优威慑”的理念内容,且没收违法所得和罚款的功能、定位无可替代,二者并处才能保障规范作用的充分发挥。从实践上来说,没收违法所得的保留遵循了我国的反垄断立法的逻辑,也在一定程度上弥补眼下其他法律责任、救济措施实施不足的现状。其次,明确以制度适用为原则,酌定不适用为例外的适用范围,用以应对纠纷当中可能出现的多种情况,违法所得数额计算不能的例外情况须严格区分是由主观还是客观因素所造成。以“多得收入”或“减少支出”作为违法所得的计算依据,辅以推估方式实现对违法所得数额的量化,且适时推进定性、定量工作的分离。再次,违法所得的追缴不能局限于违法行为人,非善意第三方企业同样也要承担法律责任,外流第三方企业的违法所得亦有追回的必要。而对于已追回的违法所得不能“一刀切”的全部上缴国库,对不同部分应作不同处置,其中物上存在请求权的部分以退还受害人为优先。最后,对于救济措施之间的衔接、协调,罚款数额确定时须将没收违法所得适用与否纳入裁量范围,以保证在没收违法所得没能适用的情况下仍能通过罚款实现对垄断行为的有效规制,而行政没收与民事诉讼也应形成持续、积极的互动关系,以行政没收促进民事诉讼,以民事诉讼辅助行政没收。