目的:缺血性脑卒中是致死高危、致残高危的中枢神经系统疾病。缺血性脑卒中的发病机制复杂,急性期的血管再通治疗常引起缺血脑组织的再灌注损伤。临床研究发现,不同时间点发生的缺血性脑卒中,其发病率、预后差别较大,这与昼夜节律密切相关。在生物体内,昼夜节律的分子生物学基础是昼夜节律基因（Circadian gene）。昼夜节律基因参与机体的生理病理过程,通过调节内质网应激、细胞自噬、细胞凋亡等作用,影响中枢神经系统疾病（如阿尔茨海默病、脑卒中、帕金森病）的发生、发展。研究表明,昼夜节律作用于缺血性脑卒中的发病过程,是通过昼夜节律基因参与调节的,但其具体过程有待于研究。本研究拟观察昼夜节律运动输出周期蛋白质产量（Circadian Locomotor Output Cycles Kaput,Clock）在大鼠脑缺血再灌注后的作用机制,探讨节律基因通过内质网应激途径,对缺血神经细胞功能的影响,从蛋白质组学及细胞凋亡方面阐述相关分子机制,旨在为脑缺血再灌注损伤的发病机制提供新的依据。方法:分别在四个不同的Zeitgeber（德语,时间的给予者,表示实验室环境时间）时间点（ZT0,ZT6,ZT12,ZT18;6:00,12:00,18:00,24:00）构建大鼠大脑中动脉栓塞/再灌注（middle cerebral artery occlusion/reperfusion）模型,以模拟体内局灶性脑缺血再灌注（Focal Cerebral Ischemia/Reperfusion）损伤。免疫印迹观察不同时间点Clock蛋白的表达水平;TTC染色评估梗死灶体积;Longa评分评估神经功能缺损;TUNEL-DAPI染色评估神经元凋亡;二维凝胶电泳（2D-PAGE）联合质谱（MALDI TOF/TOF MS）观察不同时间点,差异蛋白质组的表达水平;生物信息学方法预测可能的下游信号通路;免疫印迹观察下游内质网应激及线粒体凋亡途径相关蛋白的表达情况。结果:脑缺血再灌注损伤后,缺血皮层Clock表达ZT0（6:00）低,ZT12（18:00）高（p<0.05）。和ZT0相比,ZT12时脑梗死体积减少（p<0.01）。和ZT0相比,ZT18时神经功能缺损评分降低（p<0.05）。与ZT6相比,ZT18的完整神经元个数增加（p<0.05）。与ZT0相比,ZT12（p<0.0001）和ZT18（p<0.001）时DNA片段减少。与ZT0相比,ZT12（p<0.05）和ZT18（p<0.05）时内质网应激蛋白ATF4减少。在ZT0和ZT18两组间,用2D-PAGE联合MALDI TOF/TOF MS发现共749个差异表达蛋白质（p<0.05）,成功鉴定其中8个蛋白。与ZT0相比,ZT18时Ppp1cb、Ttr、Fahd2升高,Vdac1、LOC100911515、Atp6v0d1、Idh3g、Atp6v1b2降低。它们的信号通路涉及导管酸分泌、代谢途径、突触小泡循环和内质网应激途径。结论:脑缺血再灌注损伤的严重程度呈现时间依赖性表达,其可能机制是脑缺血再灌注发生后,昼夜节律基因Clock通过内质网应激途径,影响缺血神经细胞凋亡的严重程度。