【摘 要】
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目的:大肠癌(CRC)是全世界第三大常见的恶性肿瘤之一,也是全球恶性肿瘤致死的常见原因,且死亡率高居世界第二。而免疫相关基因(IRGs)可以用来预测患者的预后以及免疫治疗的效果。所以本文通过分析来自癌症基因组图谱数据库(TCGA)的一系列结肠癌(CCa)样本,从免疫相关基因方面为该领域的研究提供了新的视角。方法:1.从TCGA数据库中获得CCa患者的转录组数据和临床数据,通过limma算法和单变量
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目的:大肠癌(CRC)是全世界第三大常见的恶性肿瘤之一,也是全球恶性肿瘤致死的常见原因,且死亡率高居世界第二。而免疫相关基因(IRGs)可以用来预测患者的预后以及免疫治疗的效果。所以本文通过分析来自癌症基因组图谱数据库(TCGA)的一系列结肠癌(CCa)样本,从免疫相关基因方面为该领域的研究提供了新的视角。方法:1.从TCGA数据库中获得CCa患者的转录组数据和临床数据,通过limma算法和单变量COX回归分析计算出差异性IRGs和具有显着临床结果的SIRGs。通过蛋白质交互作用数据库PPI,通路相关数据库KEGG,基因本体数据库GO分析检测有临床意义的免疫相关基因(SIRGs)的潜在分子机制。再基于多元回归分析COX,建立免疫相关风险评分模型(IRRSM)。我们根据通过3个免疫相关基因,建立免疫相关风险评估模型,并通过免疫相关风险评分模型(IRRSM)的风险评分,将样本患者区分为高风险组和低风险组。通过实时荧光定量PCR(RT-q PCR)验证抑制素βA基因(IHNBA)和抗体制备的免疫原基因JAG2的表达水平以及IHNBA与临床特征之间的关系。从重庆医科大学附属第二医院收治的56例确诊为结肠癌CCa的患者,收集标本中结肠癌组织和癌旁正常组织。人结肠上皮细胞系(NCM460)和CCa细胞系(CACO-2,HT29,SW480和HCT116)购自美国典型培养物保藏中心(Manassas,Virginia,USA)。细胞在1640培养基中悬浮培养和在含有10%胎牛血清(FBS),100 U/ml青霉素和100 mg/ml链霉素MEM培养基中贴壁培养(Gibco,盖瑟斯堡,马里兰州,美国)。将细胞在5%CO2中于37°C孵育。结果:我们设计了本研究,从TCGA数据库网站下载39个正常结肠样品和398个结直肠癌(CCA)样品,并成功获得所有样本的一系列转录组RNA测序数据资料;运用limma算法,筛选出1550个差异基因(包含667个下调和883个上调);通过log2∣FC∣再确认其中20个上调和20个下调与肿瘤相关的基因;我们再将下载的数据通过分子标记数据库v4.0的免疫系统过程和免疫应答过程,确定331个基因与免疫系统相关IRGs,通过相关分析,其中29个相关基因(包括12个下调的IRGs和17个上调的IRGs,其中CXCL8,CXCL12,SAA1,CCL20,CCL19,MMP9,CXCL13,CCL21和CCL24为核心基因)被认为与CCa密切相关;通过单因素COX回归分析,筛选出CXCL12、INHBA、RUNX1、JAG2、CCL19和IFITM2等6个s IRGs与肿瘤密切相关。我们选出3个s IRG(INHBA、JAG2和CCL19),以建立IRRSM,评估结直肠肿瘤预后。我们发现INHBA的表达水平在晚期和随T期晚期都增加;INHBA和JAG2的表达水平在N分期晚期明显升高;JAG2在M期晚期表达水平增加。结果表明,免疫相关风险评分模型(IRRSM)可作为评估大肠癌(CCa)患者预后的独立因素。此外,免疫相关风险评分模型(IRRSM)还展现了22种免疫细胞的浸润状态。而且在大肠癌(CCa)组织中IHNBA得表达水平和JAG2的表达水平高于邻近正常组织中得表达了;在更高级的T期中,INHBA的表达水平增加(A)。INHBA和JAG2的表达水平在晚期N期增加(B)。JAG2的表达水平在早期M期下降(C)。我们还运用CCa患者IRRSM中3个s IRGs来制作了的Nomogram图,用来预测患者的生存周期。结论:我们的结果表明,某些差异免疫相关基因(s IRGs)具有预测大肠癌(CCa)患者预后和临床特征的潜在价值,这项研究可以为大肠癌(CCa)患者的免疫研究和治疗策略提供新的见解。
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