20世纪80年代以来，各高校结合自身实际，针对如何成功践行党委领导下的校长负责制进行了积极探索，积累了较为丰富的实践经验的同时也出现很多亟待解决的问题。参照治理理论和发达国家一流高校内部治理经验，对我国高校近24年内部治理实践进行总结、分析，为国家公办高校内部治理结构的规范建设提出建议，指出哪些架构应该统一规范，哪些现状应该优化，很有意义。　　研究型大学作为我国高校发展中的“领头羊”，其存在利益主体多元化、管理权与所有权分离等特点，内部治理结构相对更为复杂，其制度环境也能够满足有效实施大学治理的需要。因此，本文选取研究型大学内部治理结构作为研究对象，运用实证调查与统计分析方法来研究大学内部治理结构的现状、影响因素和优化路径。采取科学的抽样方法，选取了长三角地区的六所研究型高校侧重进行了有关研究型大学内部治理结构现状、研究型大学内部治理结构优化的调查，利用binary logistic、ordinal logistic回归计量模型对研究型大学内部治理结构优化的影响因素进行深度分析，探索建立研究型大学内部治理结构现状对优化的结构方程模型，期望能够为我国高校内部结构治理优化提供一些借鉴和参考。　　通过实证调查发现，我国研究型大学现代大学制度建设进步迅速，但同时在治理结构方面存在“缺乏按章程办学思想基础，人治痕迹明显”、“党委书记与校长之间位次和权责没有明确规范”、“监督乏力，多元利益主体参与决策不足”、“教代会等民主管理机构被淡化和虚化”等一系列突出问题，制约高校的健康发展。回归分析表明，这些问题具有一定的代表性。　　结合内部治理结构优化的调查，本文对我国研究型大学现有的“党委领导、行政负责、教授治学和民主管理”的内部治理结构，设计了一个内部治理结构模式图。针对研究型大学内部治理结构的优化提出了“吸纳多元利益主体代表共同参与大学治理，通过建立董事会等方式改善高校党委的领导方式”、“进一步理顺党委书记和校长之间的职责关系”、“加强制度建设，完善体制运行的基本轨制与机制”等六项建议。