随着现代大学制度的不断发展，高校管理的重心不断下移，推动地方高校的特色发展及自我定位，完善地方高校学院内部治理结构，已成为高等教育学术界的研究热点。长期以来，不少地方高校学院在办学过程中存在办学理念落后、党政职责不清、行政权力泛化、学术权力弱化、教师和学生民主权利得不到保障等诸多问题，影响和制约着大学内部治理结构改革的成效。如何理顺学院的办学自主权，解决学院发展中的权力分配与制衡问题，使学院真正成为责、权、利相统一的办学实体，有效实现“大学办校、学院办学”的理念，是当前地方高校学院内部治理的核心问题。从本质上来讲，学院内部治理结构是一种学院内部制度的安排，是一种有效的运行机制，其产生的目的是理顺组织系统内部利益相关者的相互关系，以达到学院内部组织协调运行、高效运转的作用。　　论文基于利益相关者理论等相关理论，在探究地方高校学院内部治理结构模式的同时，以地方高校南昌大学为个案，对地方高等院校学院内部治理结构的现状、存在的问题及原因进行了深入探讨，总结借鉴国内外高校学院内部治理结构运行机制和成功经验，提出了优化我国地方高校学院内部治理结构的对策：一是要转变治理观念，形成“大学办校、学院办学”新理念，注重特色定位，以学院办学为主体，权力重心下放，校院两级联动治理相结合；二是要调整学院内部治理结构，创新“四位一体”运行机制，构建“权力制衡”的学院内部治理结构；三是要提升学术权力驱动力，合理建构学院权利配置架构，以“教授治学”为载体，突出教授委员会的学术权利主导地位，坚持“党政分工合作，共同负责”的领导体制；四是要理顺校院两级管理体制，全方位实施“学院自治”，依托大学章程，建立健全校院两级管理制度，构建科学保障机制；五是要搭建学院内外治理平台，实现“共同治理”，创新参与形式，推进学生群体参与学院治理，理顺外部治理通道，走共同治理之路；六是要打造具有地方特色的学院治理文化，保障学院内部认知理性与实践理性和谐发展的治理文化。