《公司法》从2013年的修订认缴制明显削弱了对公司资本的要求,资本进入形式及资本缴纳方式更具有灵活性,对公司资本形式和缴纳方式的逐渐弱化使瑕疵出资问题日益凸显,随着司法实践矛盾纠纷处理的较大分歧和理论界研究探讨的较大差异,公司注册资本的瑕疵问题对当前立法和司法实践发出更加严峻的挑战。本文通过研究瑕疵出资股权转让纠纷产生的原因（事前）和司法处置（事后责任）,结合案例检索分析纠纷矛盾的产生的深层次根源和存在的问题,并对当前立法中对瑕疵出资责任的规制方式进行剖析,发现在瑕疵出资股权转让中,资本的瑕疵性并没有在立法和实践中进行有效规范,公司章程和商事登记制度没有发挥出应有的作用,出资义务的催缴并没有有效履行,实践中对瑕疵出资股权的转让也处于放任状态,这也就为商事交易埋下了潜在的隐患。同时,基于前端交易的矛盾让事后追责模式的研究成了学界探讨的主流方向,而当前学界对该类纠纷的责任认定等问题并未形成统一的观点。因此,本文通过对目前立法、理论学说进一步研究分析,结合当前司法实践,为完善瑕疵出资股权转让进行提出合理化建议。本文主体分别由五个部分组成。第一个部分为绪论,介绍了瑕疵出资股权转让的法律基础和立法演进、研究背景、研究意义以及本文所用的研究方法,并通过对域内、外瑕疵出资股权转让研究进行对比梳理为后续行文写作奠定基础。第二部分,研究瑕疵出资股权形式、瑕疵出资与其股权转让的法律效力。该研究部分重点详细阐释了对瑕疵出资及股权的转让形式及其效力之认定等分歧,结合国内当前主要学者的观点,研究了瑕疵出资股权转让在理论中的不同看法。第三部分,该部分通过对瑕疵出资股权转让司法案例的检索和分析,研究了瑕疵出资股权转让在司法实践中存在的矛盾分歧,并就实践存在的问题进行阐释。第四部分,该部分对瑕疵出资股权转让过程中的责任认定和责任承担主体、责任内容进行了较为细致的研究,从不同主体分析了瑕疵出资责任的归属,并分析了当前瑕疵出资股权转让过程中责任认定存在的局限。第五部分,通过前文研究并结合司法实践和当前立法提出完善瑕疵出资股权转让的建议。