世界各国公司财务丑闻频频曝光，公司治理成为了全世界关注的焦点问题。随着经济全球化的加深，企业经营的外部环境发生了巨大变化，企业经营面临着极大的不确定性和挑战，风险和战略管理逐渐成为企业管理的主题和核心。自20世纪80年代以来，公司治理目标开始围绕着如何对经营者实施有效激励和监督约束展开。内部审计作为确保企业受托经济责任有效履行的内部管理控制机制，在组织中扮演着越来越重要的角色，是公司治理结构的重要组成部分。企业管理重心的演变对内部审计提出了新的要求并赋予其新的使命。实践证明，内部审计在公司治理中的地位越来越高，作用越来越大。内部审计的合理设置，其职能的有效履行，将起到制衡利益相关者，合理保证会计信息质量等作用。在现行的公司治理机制下，研究内部审计的职能是否有效发挥，内部审计与其他治理主体之间的互动是否改善了企业的治理质量，将更有利于内部审计的发展。本文以受托责任理论、交易成本理论、内部控制理论为基础，分析内部审计的设立动因和我国内部审计设立的现状问题。文章以截至2010年在深圳证券交易所主板上市的企业数据为样本考察我国内部审计设立的现状，单设内部审计机构的情况及其对财务报告质量是否会产生影响，以及内部审计部门的隶属层次、运行效果是否会财务报告质量产生影响。研究发现：（1）设立独立的内部审计机构的上市公司的财务报告质量要高于未单设内部审计机构的企业。（2）内部审计机构隶属治理层的上市公司，其财务报告质量也要高于内部审计机构隶属管理层的上市公司。（3）内部审计机构的运行效果与财务报告质量成正比。因此，设立独立的内部审计机构，并保证其运行的独立性，提高内部审计机构的运行效果，能够有效发挥内部审计机构的作用，保证其高效履行，提高财务报告质量。