经济适用房是我国住房保障制度的重要组成部分,也是满足中低收入家庭住房需求的重要来源。然而,近年来,经济适用房制度在实施过程中问题层出不穷,而制度设计本身的问题是经济适用房建设诸多问题产生的根本原因。本文正是基于此,依托委托代理理论的分析框架,对经济适用房制度实施过程中中央政府、地方政府与房地产商这三个制度实施参与主体构成的两层委托代理关系及问题进行了分析,以期找到制度设计本身问题出现的原因,并提出了完善经济适用房制度的建议。首先,本文在分析经济适用房制度的发展历程及实施现状的基础上,探寻了我国经济适用房制度实施过程中的主要问题。第二,依托委托代理理论的分析范式,分析了经济适用房制度建立和实施过程中的中央政府与地方政府、地方政府与房地产开发商委托代理关系形成的条件。第三,运用博弈分析方法,通过对经济适用房制度实施过程中中央政府与地方政府、地方政府与房地产商的委托代理关系模型的构建,探寻这两层委托代理关系出现的问题,以此探讨我国经济适用房制度设计本身的问题。最后,在总结归纳的基础上,为我国经济适用房制度的顺利实施提出相关的意见和建议。从而得出如下结论：(1)当前我国经济适用房制度实施过程中最主要的问题在于经济适用房制度设计本身的问题,缺乏激励约束机制,使得经济适用房制度执行不力,远远不能满足当前我国中低收入家庭的住房需求。(2)中央政府与地方政府的委托代理关系问题表现在：中央政府对地方政府的激励不足、地方政府其他利益诉求的负面影响以及中央政府的监督成本过高。(3)地方政府与房地产开发商的委托代理关系问题表现在：房地产开发商追求利润最大化导致违规现象频出、地方政府与房地产商合谋导致监管失位。针对上述研究结论,本文从法律支持、地方政府的政绩观的转变、监管机制建设以及资金筹集渠道建设等四个方面提出了完善经济适用房制度的意见和建议。