家庭联产承包责任制实施以来，我国农村地区出现了农民自发组建，并在政府和其他社会力量支持下逐渐发展起来的农民专业合作组织，对促进农业现代化，引导农民进入市场，提高农民收入起到积极的作用。近些年来，农民专业合作组织在全国范围内蓬勃发展起来，但实际运行中却表现出明显的地区差异性。实践表明，地方政府在农民专业合作组织发展中的职能定位和制度创新，与农民专业合作组织的发展密切相关。鉴于地方政府在农民专业合作组织中的重要作用，调整政府职能适应农民专业合作组织发展，就成为一个重要的课题。本文立足于吴中区推动农民专业合作组织发展的实践，结合地方政府在农民专业合作组织发展中职能发挥的现状，总结地方政府发挥职能作用取得的成效，分析地方政府职能发挥存在的不足，以及制约地方政府在农民专业合作组织发展中职能履行的因素。基于以上分析，结合政府职能的相关理论，从树立对农民专业合作组织的正确认识、建立健全农民专业合作组织管理体制、落实完善各项优惠政策、完善配套的地方性法律规范，加强对农民专业合作组织的人才和信息服务方面，提出完善地方政府职能，促进农民专业合作组织发展的对策。