本文旨在研究公司的创新研发投入及产出对于企业供应链整合程度的影响。文献表明,企业的垂直方向的并购活动区别于其他类型的并购,具有一定特殊性:公司进行供应链上下游垂直整合的动因受到内外部市场交易成本理论与产权理论的正反两方面影响。公司研发创新活动是一个长期过程,经历初期投入,后期研发费用资本化,最终形成专利等无形资产。因此在创新活动的不同阶段,创新研发活动的也不确定性不同,对于企业市场交易成本及垂直并购后内部整合成本影响也有所不同。本文首先基于我国2012年投入产出表系数,采用分部收入法、文本相似度法构建了衡量企业供应链垂直整合程度的指标,在此基础上检验了企业创新研发投入及研发产出对于垂直整合程度的影响。回归结果表明:研发支出水平较高的企业垂直整合程度较低,当年专利申请数较高的公司,垂直整合程度也较低。采用经济学理论对结果进行解释,产权理论证明,在创新研发的前期阶段,企业之间分离可以保持事前激励,进行较多的研发投入并保持剩余控制权;而交易成本理论证明,在研发的后期阶段,当企业的知识产权得到有效保护,企业被“套牢”的风险降低,与上下游企业间的交易成本下降,市场摩擦减小,因而企业缺乏进行垂直并购的动机。