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目的：对毛花系列金银花高效液相（HPLC）指纹图谱与简单序列重复间扩增多态性（ISSR）指纹图谱进行关联性研究，探讨其指纹图谱特征、有效成分含量与遗传变异的相关性，为金银花内在质量评价、种质资源鉴定及优良品种的筛选提供科学依据。方法：采用高效液相色谱法，建立毛花系列金银花HPLC指纹图谱，并测定4种有效成分含量；采用ISSR分子标记技术，对毛花系列金银花进行DNA标记，构建其ISSR-DNA指纹图谱；采用聚类分析、相似度评价等模式识别技术，探讨毛花系列金银花HPLC指纹图谱及有效成分含量与ISSR-DNA谱带特征的相关性。结果：以绿原酸为参照物，建立了毛花系列金银花的HPLC对照指纹图谱，共标定了13个共有指纹峰，毛花系列金银花的HPLC指纹图谱存在一定的差异，4种有效成分含量具有显著性差异。采用ISSR标记，共筛选出15个引物，获得307条DNA扩增带，其中多样性条带217条，平均多态检出率为70.68％,各种质间遗传相似性系数的变化范围在0.6456~0.8987之间。系统树图显示，10个毛花系列金银花样品分为两大类，XM-MH-1单独聚为一类，其他样品聚为第二类，第二类又分为三大组。结论：毛花系列金银花不同品种药材化学成分与遗传变异间具有一定的相关性，为金银花质量评价、品种鉴定及划分提供了新的研究思路。