酸解离常数(pKa)是化合物的重要理化参数之一，对pKa的了解有助于研究与开发药物。毛细管电泳(CE)是经典电泳技术和现代微柱分离相结合的产物;高效液相色谱(HPLC)是色谱技术的一个重要分支，广泛应用于各个领域。CE与HPLC法相似，两者均为液相分离技术，有多重分离模式，且仪器操作可自动化;但遵循不同的分离机制。CE法在研究具有pH不稳定或者成分复杂等性质的化合物pKa时相比经典方法电位滴定法有其独特的优势。在开发HPLC方法研究药物有关物质时，它们的pKa信息能够起到指导作用。本论文分别就压力辅助毛细管电泳在药物磷酸肌酸钠pKa和水解速率常数研究以及基于pKa的候选新药SM934有关物质色谱条件的研究展开。　　第一部分毛细管电泳应用于磷酸肌酸钠pKa及水解速率常数研究　　建立压力辅助毛细管电泳法研究pH不稳定化合物磷酸肌酸的pKa值。采用总柱长30cm、有效柱长21.5cm的未涂层熔融石英毛细管，施加50mbar辅助压力，18kV分离电压，利用毛细管电泳仅仅需要有效淌度即能测定药物pKa的优势，测定pH不稳定化合物磷酸肌酸的pKa值依次为pKa1＜1.70，pKa2=2.78±0.02，pK3=4.50±0.06，pKa4=11.51±0.13。进一步分别测定磷酸肌酸在酸性以及中性条件下的水解速率常数并且确认水解产物，当pH为2.0时，水解速率常数最大，磷酸肌酸水解速度最快，大约仅仅10min即可水解10％磷酸肌酸;在研究的pH范围内，水解产物主要为肌酸。本论文中建立的压力辅助毛细管电泳方法用于测定pH不稳定化合物磷酸肌酸的pKa重复性好，能够将水解影响降至最低，克服电位滴定方法在处理不稳定化合物时的局限性。　　第二部分基于pKa的候选新药马来酸蒿乙醚胺(SM934)有关物质色谱条件的研究　　马来酸蒿乙醚胺是治疗人体自身免疫疾病系统性红斑狼疮的1.1类候选新药。其在合成以及储存过程中可能会引入包括起始原料、中间体、异构体、副产物、降解产物等在内的有关物质，有关物质不仅会影响药物的质量，还会造成潜在的安全隐患，因此必须建立HPLC方法进行有关物质的研究。本论文使用建立的压力辅助毛细管电泳方法同时测定SM934中马来酸pKa值分别为1.88±0.02、6.24±0.02与蒿乙醚胺pKa值分别为9.40±0.03及其具有解离基团的有关物质的pKa值为SM1041为9.63±0.03，SM449为9.06±0.04，SM1044为6.34±0.04，为该候选新药的有关物质研究方法学开发提供帮助。同时也考察了马来酸蒿乙醚胺其余已知结构有关物质的性质，对于极性小的脱水双氢青蒿素与羟基蒿乙醚磺酸酯，引进梯度洗脱程序;对于可能会发生互变异构的双氢青蒿素与乙酰双氢青蒿素，考察了其色谱行为。再在筛选色谱柱后建立了HPLC方法，并对方法进行了验证。分别从纯度、检出限定量限、线性、回收率、耐受性等方面考察液相方法，并对SM934的强制降解实验、模拟体内降解实验进行了研究。