包括32个中国的Acidithiobacillus spp．野生菌株、3个参比菌株以及GenBank数据库中搜索到的具有代表性的其它相关菌株的16S rRNA基因序列和转录间隔序列（ISR）构建进化树。所有的Acidithiobacillus spp．菌株被划分为三个系统学大群（Cluster）、8个系统学组（Group）。研究表明，ISR序列的差异是种特异的，即每个种之间有明显的差异。8个Acidithiobacillus thiooxidans菌株的间隔序列大小在451～465bp之间，22个Acidithiobacillus ferrooxidans菌株大小在440～456bp之间，唯一的例外是菌株BY-3，间隔序列大小仅有434bp。未鉴定到种水平的5个Acidithiobacillus菌株，具有明显不同的间隔序列，其中DBS-2、TSK-3间隔序列最小只有413和416bp，菌株YP-5、FY-2、DBS-4间隔序列都为421bp。同一个种内，菌株之间间隔序列（ISR）大小差异不超过3％。在种内序列之间的相似性明显高于种之间菌株的相似性系数，不同种的菌株之间的相似性系数在60.49％～84.71％，A．thiooxidans和A．ferrooxidans种内不同菌株之间的相似性系数分别在86.71～99.56％、92.36％～100％。在所有的Acidithiobacillus spp．菌株的ISR序列中，序列最主要的差异，包括长度、组成差异，主要集中在ISRc区。A．ferrooxidans被归属于三个不同的系统学组，其中中国分离的20个A．ferrooxidans菌株分别被归属于Group1和Group2。研究表明，三个不同的系统学组菌株拥有明显不同大小的ISR序列，分别为440～441bp（Group1）、448～456bp（Group2）、452～456bp（Group3）。菌株ATCC23270T、SSP、ATCC33020分别作为三个系统学组的代表菌株，序列比较显示三个A．ferrooxidans系统学组的菌株有很显著的序列差异。遗憾的是所分离的20个A．ferrooxidans菌株中，没有隶属于系统学Group3的菌株。很可能每个系统学组代表了不同的亚种（subspecies）或者不同的种（species）。此外，对A．ferrooxidans来说，依据表型特征的生理学分群与依据RAPD、rep-PCR、ARDREA综合的分子遗传分型、以及依据16r RNA基因序列和转录间隔序列（ISR）的系统发育研究结果之间存在明显的相关性。在5个生理学组之中，生理学组GroupA和B共同构成了基因组型（genotypic）Group Ia，这个组的菌株在温度40℃或者pH1.3的条件下不能生长或者生长的很差，而且氧化硫单质的能力很差，相对不耐酸，最低生长pH值为1.5；而生理学组（physiological）Group C、D、E分别对应于基因组型Ib、Ic、Id，其中Group C的菌株能够在温度40℃或者pH 1.3的条件下生长，而且氧化单质硫的速度较快；菌株BY-3 and DX-2和构成了生理学组Group D、E，前者不仅可在40℃生长，而且可在pH 1.2生长，后者虽然也可以在40℃生长，但在pH 1.3时不能生长。同样发现，A．ferrooxidans的生理学分组与16SrRNA基因的系统学研究之间也存在明显的相关性，属于生理学组Group C、D、E的菌株大多被划入系统学组Group 1中，而生理学组GroupA、B的菌株归属于系统学组Group 2。一个例外就是，A．ferrooxidans strains HNQ和TGS属于生理学组Group C，却在遗传分型中归属于Group Ia。五个未鉴定到种的菌株中，Acidithiobacillus DBS-2，TSK-3构成了系统学Group8，DBS-4、FY-2、YP-5构成了另一个组（Group7）。大小明显不同的间隔序列（ISR）及表型特征的差异，说明这五个菌株很可能代表着与A．ferrooxidans和A．thiooxidans进化关系稍远的Acidithiobacillus属的两个新种，或者组成一个不同的新属。