合作是现代科学取得进展的重要途径，是当今科学生产的一种重要形式。科学合作以其层次和规模的不同而包涵不同的主体，高等院校是科学合作活动的重要主体之一，在科学合作中扮演着重要角色。研究高校间的科学合作是一项有趣又有意义的工作。高校间科学合作有多种形式：联合承担项目、合作推广成果、合著发表论文等。清华同方开发的CNKI中的中国期刊全文数据库(CJFD)可方便地检索到任意两机构合著论文的情况，为从合著角度考察科学合作提供了便利。本文以中国期刊全文数据库为数据来源，选用绝对合作频次、合作强度Salton指数及观察值与期望值的比值三个科学计量学指标，运用矩阵分析、网络分析、可视化技术等科学计量学方法，考察了985高校校际、985高校与地方院校之间的科学合作倾向性，揭示了地域、学科性质对我国高校间科学合作的影响，得出以下结论。 (1)地理接近是影响高校间科学合作最重要的因素。 985高校校际科学合作在大区、省区及城市三个层次上都表现出很强的地域倾向。 运用Salton指数测量985高校大区内和大区间合作强度，结果表明最强合作关系存在于各大区内部，7大区中有6大区与其最紧密合作大区为接壤大区，6大区与其最疏远合作大区为不接壤大区。以观察值与期望值的比值rij测量大区内和大区间合作倾向，发现各大区区内比值均远大于1，且区间合作观察值与期望值比值大于1的合作大区均为接壤大区。 以绝对合作频次为判据，考察同省区的985高校最紧密合作伙伴，结果显示，最紧密合作伙伴为本省区其他985高校的比例高达92.59％。以观察值与期望值的比值rij及合作强度Salton指数为判别标准，这一比例则均为100％。 地处同城的985高校，无论以合作的绝对频次为判别标准，抑或以观察值与期望值的比值rij为指标，还是以Salton指数为判据，其最紧密合作伙伴均为同城其他985高校。 地方院校与985高校之间的合作在省区、大区两个层次也显示出一定的地域倾向。985高校与地方院校合作同样表现出明显的同省合作倾向。 (2)高校学科性质对高校问科学合作有重要影响。 运用观察值与期望值比值rij考察各类985高校间的合作倾向，发现综合类高校成为最受各类高校青睐的合作伙伴。工学类高校表现出明显的同类合作倾向。理科类高校则倾向在综合类高校中选择合作伙伴。文理类、文科类高校在与综合类高校保持紧密合作的同时，两者之间更是表现出超强的合作倾向。以Salton指数为指标，得出完全一致的结论。985高校与地方院校合作中，文理类高校与地方院校之间合作最紧密。