世界生产活动的分工逐渐由国家转向企业,这使得企业经济表现备受社会各界关注。国民经济的发展态势很大程度上取决于微观企业的创新发展水平,这个创新不仅是科技的创新,还包括资源配置以及制度上的创新,其中创新资源又是供给侧改革下企业创新驱动发展战略实施的必备条件,其配置的合理性直接影响到创新效率。由于我国企业经济发展水平非均衡,企业间的创新能力也存在较大的差异性,这既体现出各企业结合自身条件构建科学合理的供给侧改革下创新资源配置系统的极其必要性,也反映了合理优化创新资源配置对我国当前创新驱动战略的实施和供给侧改革深化的重要影响力,特别是规模以上工业企业对国民经济的发展有着极其重要的影响,已成为促进技术进步和科技创新的主要力量。目前我国企业仍然存在着创新资源配置效率不平衡、自主创新能力弱、区域差异大、环境承载力不足、可持续发展能力缺乏等诸多问题,加快转型升级节奏、优化企业创新资源配置刻不容缓。本文在借鉴国内外创新资源配置系统相关理论研究成果和实践探索经验的基础上,以创新资源配置相关理论为指导,分析了我国企业创新资源配置的现状及其影响,构建了我国企业创新资源配置系统,借助因子分析法和DEA-Tobit两步法分析了“量”和“质”上我国企业创新资源配置能力、效率及其差异的影响因素,进而提出了我国企业创新资源配置系统的优化策略。主要结论有:(1)企业逐渐成为我国创新资源配置的主体,我国创新资源配置还存在投入总量不足,强度相对较低;基础研究薄弱,区域差异较大;政府引导缺位,人才分布不均;投入模式缺陷,企业地位模糊等一系列问题。着力推进供给侧结构性改革,深入实施创新驱动发展战略,使市场在资源配置中起决定性作用和更好发挥政府作用的条件下,优化企业创新资源配置,并不断减小各地区企业创新资源配置能力及效率的差异迫在眉睫。(2)我国各地区企业的创新资源配置能力存在较大差异。区域创新资源配置实力主要决定区域创新资源配置能力,企业创新资源配置能力是创新资源配置实力的核心。影响企业创新资源配置能力的长期因素是创新资源配置潜力。创新资源配置能力建设的忽略,势必会导致创新资源配置能力的下降。各地区应加大创新人力、物力、财力、技术等企业创新资源配置的基础能力建设,增强创新资源配置的潜力,提升创新资源配置实力。(3)我国各地区企业创新资源配置效率存在较大的差异。东部地区的企业创新资源配置效率总体高于西部地区。政府和企业应通力合作,优化投入结构,提升企业创新资源配置效率。(4)企业内部、外部影响因素都会对企业创新资源配置效率产生影响。企业研发资本投入强度、规模变量、技术创新能力、国有化程度会影响企业创新资源配置效率。企业应平衡科技投入,防止投入冗余,完善研发体系,以便提升创新资源配置效率;地区政府应降低国有化程度,提升创新能力,改变国有企业创新资源配置方式。(5)供给侧改革下我国企业创新资源配置系统的优化应致力于加大创新资源投入,提高资源投入效率;健全创新资源配置,促进企业技术提升;提升创新人员素质,加强区域人才交流;优化资源投入模式,明确企业主体地位等方面。