鞭毛藻类（Flagellate algae）是一个形态学的概念，指的是一类在营养时期以鞭毛作为运动器官，能自由游动的单细胞或多细胞藻类。包括6门8纲：金藻门（金藻纲、黄群藻纲）；黄藻门（针胞藻纲）；隐藻门（隐藻纲）；甲藻门（甲藻纲）；裸藻门（裸藻纲）；绿藻门（葱绿藻纲、绿藻纲（团藻目）），是浮游植物的重要组成部分。　　沼泽是生态系统的重要组成部分，水体的环境复杂，具有丰富的藻类资源，且有一些特殊种类，因此对于沼泽藻类的研究有着极其重要的意义。大兴安岭位于中国东北部，地域广阔，是我国沼泽分布面积最大、类型最多的地区之一。本研究于2004年至2013年，先后8次在大兴安岭地区采集藻类标本，对其中的鞭毛藻类进行了分类学及生态学的研究，丰富了我国大兴安岭地区沼泽藻类多样性，为中国乃至世界鞭毛藻分布提供基础资料。结果如下：　　1.本研究利用光镜（LM）、扫描电镜（SEM）和透射电镜（TEM），对大兴安岭地区的沼泽鞭毛藻类植物进行显微观察，共鉴定鞭毛藻类5门43属180种（变种及变型）。其中裸藻门的种类最多，有15属86种23变种2变型，占总种类数的62％；其次是金藻门16属41种4变种2变型，占总种类数26%；其他类群种类数较少，依次为：绿藻门（团藻目）6属9种；甲藻门4属9种；隐藻门2属4种。对所有种类进行了形态描述，并附上了光镜照片以及部分种类的电镜照片。共14个图版，214张照片。　　2.本研究共发现中国新记录2属14种3变种，它们是：莫诺扎具柄藻Stipitochrysis monorhiza、圆筒形锥囊藻沼泽变种Dinobryon cylindricumvar. palustrem、椭圆附钟藻小型变种Epipyxis utriculusvar.pusilla、平口附钟藻Epipyxis epiplanctica、变形附钟藻Epipyxis proteus、畸形附钟藻Epipyxis deformans、螺旋金杯藻Kephyrion spirale、微小斯特克藻Stokesiella minutissima、垂直金钟藻Chrysopyxis ascendens、长颈金钟藻Chrysopyxis colligera、纤弱金钟藻Lagynion delicatulum、克尔科诺谢鱼鳞藻Mallomonas corcontica、多齿黄群藻Synura multidentata、福克假金枝藻Pseudodendromonas vlki、极美囊裸藻小型变种Trachelomonas pulcherrimavar.minor、粗刺囊裸藻Trachelomonas horrida和泡状萼胞藻Calycimonas physaloides。其中具柄藻属Stipitochrysis和假金枝藻属Pseudodendromonas为新记录属。　　3.对大兴安岭地区不同生境中的鞭毛藻类进行了初步的生态分析。得出以下结论：1）鞭毛藻类类型多样，不同的类群对于pH的耐受性不同，主要以中性种类为主，种类数最多，喜碱种类次之，嗜酸种类最少；2）鞭毛藻类主要分布在湖边沿岸带、苔草沼泽、水坑等生境，苔草沼泽中的鞭毛藻类多样性最丰富。