叶绿体是在植物中普遍存在的一种质体,是植物光合作用的主要场所,在多数植物中是高度保守、母系遗传的具有自主遗传信息的细胞器。相比核基因组,叶绿体基因组较小,更易测定其序列信息,是了解物种遗传信息的良好途径。叶绿体基因不仅可以用于分子鉴定,还可应用于物种进化的相关研究中。山玉兰（Lirianthe delavayi）,又称优昙花、山波萝,隶属于被子植物门双子叶植物纲木兰科（Magnoliaceae）长喙木兰属（Lirianthe）,其树皮和花可入药。山玉兰作为中国特有物种,分布区域仅在中国西南地区,主要分布于云南各地,其具有重要的园艺价值与药用价值,然而,山玉兰的自然环境不断被破坏,且系统位置有争议,是属于木兰属（Magnolia）,还是属于长喙木兰属（Lirianthe）或木莲属（Manglietia）存在疑问,因此,对山玉兰叶绿体基因组的研究不仅能对山玉兰的系统分类与保护开发打下基础,还能为物种鉴定以及系统进化研究做出贡献。本研究测定了山玉兰叶绿体三个基因间隔区以及叶绿体全基因组,对比了其他植物的叶绿体基因及基因组,厘清山玉兰的系统位置。为山玉兰叶绿体基因组研究打下了基础,初步解析了山玉兰叶绿体基因组的基本特征。结果表明:1.山玉兰叶绿体基因组全长为159,715 bp,是典型的四分结构环状DNA,GC占比39.3%,共注释了110个基因,包括编码蛋白基因73个,r RNA基因8个,t RNA基因29个,其中有7个编码蛋白基因中包含内含子。2.山玉兰叶绿体基因组中共有46个SSR位点,大多数是单碱基重复（78.26%）,重复单元大多数是A/T,主要分布于基因间隔区和LSC区。3.在密码子使用方面,GAA（Glu）是使用数最多的密码子（1028个）,密码子第三位上A/T有明显的偏好性。CDS中GC平均含量为39.6%,密码子使用偏性很弱。4.山玉兰与其他木兰科植物对比,变异主要发生在LSC区与SSC区,非编码区的变异程度要比编码区要高,同时也存在变异程度比较高的编码基因。在IR区与SSC的边界上,ycf1基因横跨两个区域,而在其他边界上均没有横跨区域的基因,IR区比较稳定,没有明显的扩张和收缩。5.系统发育树表明,山玉兰属于喙木兰属受到强烈支持,明确了山玉兰的系统发育地位。