FOXP3基因遗传多态性与宫颈癌发生发展的相关性研究

来源 :右江民族医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:kuwa_li
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目的:宫颈癌是女性四大恶性肿瘤之一,在中国的发病率和死亡率仍处于较高水平。叉头/翼状螺旋转录家族因子3(Forkhead Lineage-Transcription Factor 3,FOXP3)是调节性T细胞的标志物,抑制肿瘤免疫发生免疫逃逸,促进肿瘤的发生。已有研究报道FOXP3增加宫颈癌的发病风险。然而,FOXP3基因单核苷酸多态性(Single-Nucleotide Polymorphism,SNP)与宫颈癌的相关性研究较少。因此,本研究旨在通过生物信息学探讨FOXP3对宫颈癌发生发展及其预后的影响。通过Pub Med数据库查找FOXP3基因SNPs位点,分析FOXP3 SNPs在广西女性人群中的分布频率,并与来自千人基因组计划中的其他种族女性人群比较,分析FOXP3基因的遗传异质性。并进一步分析FOXP3基因多态性位点rs2280883、rs2294021和rs3761549与高危型HPV持续感染和宫颈癌发病风险的相关性。方法:1.从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中下载泛癌的转录组数据、临床信息和突变信息。通过R3.6.0“ggpubr”包分析FOXP3在泛癌中的表达水平箱式图,并通过UALCAN数据库分析FOXP3表达水平对宫颈癌临床特征的影响,采用Kaplan-Meier计算FOXP3表达水平与宫颈癌患者的总体生存期、疾病特异性生存期和无进展生存期的相关性,采用Spearman相关检验计算FOXP3表达水平与宫颈癌肿瘤突变负荷(Tumor Mutation Burden,TMB)、微卫星不稳定性(Microsatellite Instability,MSI)以及免疫细胞浸润水平的相关性。2.运用im LDRTM多重SNP测序方法检测350例广西女性人群中的rs2280883、rs2294021和rs3761549基因型和等位基因分布频率,并与Pub Med数据库公布的千人基因组计划女性人群(包括非洲女性人群、美国女性人群、北京汉族女性人群、日本女性人群、欧洲女性人群和南亚女性人群)进行比较,分析FOXP3 SNPs rs2280883、rs2294021和rs3761549在不同种族女性人群中的分布特征。3.运用聚合酶链式反应-反向斑点杂交技术(Polymerase chain reaction-reverse dot blot,PCR-RDB)检测350例宫颈癌患者和350例健康对照人群的HPV分型。运用im LDRTM多重SNP测序方法检测宫颈癌患者和健康对照人群的FOXP3 SNPs rs2280883、rs2294021和rs3761549基因型和等位基因分布频率。通过SHEsis在线软件分析FOXP3SNPs位点单倍型分布频率。使用酶联免疫吸附实验(Enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)检测FOXP3血清蛋白水平。所有数据分析通过SPSS 22.0计算所得。结果:1.相对于正常组织,FOXP3在宫颈癌等13种肿瘤中的表达水平升高,在肾细胞癌中的表达水平降低。FOXP3与宫颈癌患者年龄、种族、体重、肿瘤分级和淋巴结转移等临床特征存在相关性。相对于FOXP3低表达组,FOXP3高表达的宫颈癌患者总体生存期、疾病特异性生存期和无进展生存期更好,差异具有统计学意义(P<0.05),提示FOXP3对宫颈癌的预后较好。通过对宫颈癌突变指标分析,结果显示FOXP3表达水平与TMB与MSI无关。通过对宫颈癌免疫细胞浸润的相关性分析,结果显示FOXP3表达水平与树突状细胞、巨噬细胞、肥大细胞和中性粒细胞呈负相关,与单核细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞和调节性T细胞呈正相关。2.在广西女性人群中,rs2280883存在三种基因型,分别为TT、TC和CC,其中以TT基因型(72.0%)为主;rs2294021存在三种基因型,分别为TT、TC和CC,其中以TC基因型(53.4%)为主;rs3761549存在三种基因型,分别为GG、GA和AA,其中以GG基因型(52.9%)为主。广西女性人群rs2280883基因型和等位基因与非洲女性人群、美国女性人群、欧洲女性人群和南亚女性人群的分布频率差异具有统计学意义(P<0.05)。而与北京汉族女性人群和日本女性人群差异不具有统计学意义(P>0.05)。广西女性人群rs2294021基因型和等位基因与欧洲女性人群和南亚女性人群分布频率差异具有统计学意义(P<0.05),而与非洲女性人群、美国女性人群、北京汉族女性人群和日本女性人群分布频率差异不具有统计学意义(P>0.05)。广西女性人群rs3761549基因型和等位基因与非洲女性人群、美国女性人群、欧洲女性人群和南亚女性人群分布频率差异具有统计学意义(P<0.05);而与北京汉族女性人群和日本女性人群分布频率差异不具有统计学意义(P>0.05)。3.通过分析FOXP3 SNPs基因型和等位基因与HR-HPV持续感染风险,结果显示:rs2294021共显性模型TC降低HR-HPV持续感染风险(TC vs TT:P=0.029,OR=0.60,95%CI=0.38~0.95),rs3761549共显性模型GA、显性模型GA+AA和等位基因A降低HR-HPV持续感染风险(GA vs GG:P=0.002,OR=0.48,95%CI=0.30~0.76;GA+AA vs GG:P=0.004,OR=0.52,95%CI=0.34~0.81;A vs G:P=0.023,0R=0.66,95%CI=0.46~0.95)。然而,未发现FOXP3突变位点rs2280883共显性模型、隐性模型、显性模型和等位基因与HR-HPV持续感染的相关性(P>0.05)。4.通过比较分析FOXP3 SNPs基因型和等位基因与宫颈癌发病风险的相关性。结果显示:rs2294021共显性模型TC、显性模型TC+CC和等位基因C降低宫颈癌的发病风险(TC vs TT:P=0.042,OR=0.71,95%CI=0.51~0.99;TC+CC vs TT:P=0.025,OR=0.70,95%CI=0.51~0.96;C vs T:P=0.041,OR=0.80,95%CI=0.64~0.99)。rs3761549共显性模型GA、显性模型GA+AA和等位基因A降低宫颈癌的发病风险(GA vs GG:P=0.028,OR=0.70,95%CI=0.51~0.96;GA+AA vs GG:P=0.025,OR=0.71,95%CI=0.52~0.96;A vs G:P=0.045,OR=0.78,95%CI=0.61~0.99)。rs2280883共显性模型、隐形模型、显性模型和等位基因分布频率在宫颈癌患者和健康对照人群中差异不具有统计学意义(P>0.05)。分层分析显示FOXP3 SNPs rs2280883、rs2294021和rs3761549与宫颈癌临床特征(包括肿瘤类型、分级、分期、淋巴结转移和远处转移)无关(P>0.05)。单倍型分析显示以上三个位点的单倍型T-C-A降低HR-HPV持续感染的风险(P=0.025,OR=0.66,95%CI=0.46~0.95)。酶联免疫吸附实验显示HR-HPV阳性组和宫颈癌组的FOXP3血清蛋白表达水平分别高于HR-HPV阴性组和对照组,并且在HR-HPV阳性组和宫颈癌组携带rs2294021基因型TC和rs3761549基因型GA患者的FOXP3血清蛋白表达水平分别显著低于rs2294021基因型TT和rs3761549基因型GG患者。结论:1.本研究通过生物信息学发现FOXP3在宫颈癌等13种肿瘤组织中表达升高;FOXP3高表达增加了宫颈癌患者的总体生存期、疾病特异性生存期和无进展生存期,并与宫颈癌免疫细胞浸润密切相关;其在宫颈癌的发生发展中起着重要作用。2.在广西女性人群中,FOXP3基因位点rs2280883、rs2294021和rs3761549分布存在多态性;在不同种族女性人群中的基因型和等位基因分布频率具有显著差异。3.FOXP3基因多态性位点rs2294021和rs3761549杂合突变下调FOXP3血清蛋白表达水平,与HR-HPV持续感染和宫颈癌的发病风险降低有关。
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