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为了确定中国绵羊地方品种之间的遗传关系，从青海省、新疆自治区、陕西省、北京市、内蒙古自治区、浙江省等地采集藏羊、哈萨克羊、同羊、小尾寒羊、蒙古羊、湖羊共6个品种的样品，同时以两个引进品种无角陶赛特、特克塞尔为对照。所选取的品种涵盖了绵羊所有的尾型，同时样品采集地也基本覆盖了中国绵羊的主产区。 利用PCR—RFLP初步分析各群体的遗传结构；自行设计了8对引物，采用SSCP技术分段扫描mtDNA非控制区。结果发现OV6、OV11的扩增产物SSCP图谱出现新的带型，经测序证实变异碱基的存在。同时发现这两个基因座遗传呈完全连锁，从而初步确定发现了一个新的绵羊单倍型；随后，每个品种每个单倍型各选取1—3个样品扩增其线粒体DNA控制区（D loop）并测序。 所得的55条Dloop序列经多重比对后，分别应用平均距离法（UPGMA）、邻接法（NJ）、最大似然法（ML）建立系统进化树和单倍型树。从GenBank获取山羊、羱羊、东方盘羊、摩弗伦羊以及部分国外绵羊品种的D loop序列，构建了系统进化树，以比较绵羊近缘种与家养绵羊的关系。用NETWORK软件分析了单倍型间及单倍型内的网络关系。用Arlequin软件，进行Dloop选择性中性突变检测；分析了品种间的净遗传距离（dA），并绘制了品种间遗传关系图；结合变异碱基分布曲线进一步分析绵羊群体的扩张情况。 本研究得出以下结论： 1．SSCP实验和D loop序列聚类结果表明绵羊群体中存在一种新的单倍型，即单倍型C，也就是说发现了绵羊的第三个母系始祖。这将有助于绵羊的起源中心的确定。此外，还发现单倍型C没有出现在两个欧洲绵羊品种中，表明我国绵羊与欧洲绵羊种上存在较大差异。 2．DNA序列多重比对之后，得出三种单倍型在D loop区内碱基的替换。共有28处变异，全部为碱基转换。 3．与A、B单倍型绵羊不同，C单倍型绵羊的ND2存在一个非同义突变：Met100→Thr100。另外，在ND4区存在三处同义突变。 4．首次尝试用单倍型树分析品种间的遗传关系，表明蒙古羊与湖羊、小尾寒羊遗传关系较近，Dorset和Texel可以聚为一组，哈萨克羊独立成枝。 5．用网络结构图分析了单倍型内个体间的遗传关系，表明单倍型B群体内欧洲品种和亚洲品种分别聚集成两部分。另外，C单倍型的结构图与A、B单倍型的不同，前者向一个方向聚集，后者成星状。 6．群体间净遗传距离（dA）表明同羊与蒙古羊群体有较大遗传差距。 7．变异碱基分布曲线表明单倍型B群体曾经扩张过，而单倍型A、C群体一直保持不变或经历了多重瓶颈效应。