随着海洋经济的发展和海洋资源开发力度的加大,特别是填海造陆工程对促进当地经济发展,改变土地利用方式、提高土地利用率等都有积极的作用,但是对海洋生态环境的负面影响也不容忽视,有时对海洋生态环境的破坏甚至是相当严重的。尤其是近年来的沿海滩涂开发利用活动的不断增加,使海洋生态环境问题日益突出,一些海区自然环境出现退化,海洋生物多样性受到严重威胁。科学地评价和有效地控制海洋工程对海洋生态环境的破坏,对保护海洋生物资源和维护生态平衡,打造山东半岛蓝色经济区,实现对海洋资源的可持续利用,实现海洋经济的健康稳定发展具有非常重要的意义。本文根据海州湾环境现状调查分析,评价工程附近海域的环境质量现状,结合环境影响预测对工程水动力环境、工程地质、水质污染增量和污染物分布变化等研究成果,分析工程对生态环境因子的主要影响；针对生态敏感问题和生态环境因子变化的资料,分析评价对海洋生物及海域生态产生的生态学影响,进而提出如下保护生态环境的对策与建议：(1)工程的吹填海过程,可伤害浮游于水体中的鱼卵仔鱼。为更好的保护海洋生物资源,吹填作业应避开鱼卵仔鱼的繁殖盛期,尽量选择在秋冬季进行。(2)尽量选择产生悬浮泥沙量较小的施工工艺,施工时应尽量选择风浪小的天气进行,以缩小悬浮泥沙的扩散范围,减轻对生物生态环境的影响,减少对海洋生物资源的损失。施工期间需要注意挖泥区的范围,维护海州湾大竹蛏国家级水产种质资源保护区、前三岛海域国家级水产种质资源保护区和文昌鱼保护区的生态环境的稳定。(3)人工放流应避开施工区域,以减少苗种资源的损失。(4)在施工过程中,应加强对船舶污染物中船舶压舱水和燃料油、洗舱水和燃料油等含油污水的达标排放进行监督管理,加强悬浮泥沙等主要污染物的监测,减少环境污染事故的发生。