基于全基因组Cas9筛选肝细胞癌对索拉非尼靶向治疗耐药的研究

来源 :海南医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:luckycpw
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:通过全基因组Cas9筛选肝细胞癌对索拉非尼刺激相关的具有敲除后增敏作用的关键基因,并进一步利用Affymetrix全基因表达谱芯片分析索拉非尼靶向治疗耐药和敏感临床肝细胞癌样本,筛选得到差异表达基因,最后分析得到与索拉非尼靶向耐药作用密切相关的基因:耐药/敏感基因,为临床肝细胞癌病人应用索拉非尼靶向治疗提供分子预测指标。方法:1、文库扩增和慢病毒包装,前期预实验筛选条件的摸索:选择人SMMC-7721肝癌细胞、支原体检测,行细胞倍增时间测试,Puromycin筛选预实验,行IC50实验及确定索拉非尼药物的最适浓度,文库病毒感染预实验确定最适MOI;2、Cas9-sg RNA文库药敏筛选模型的建立及高通量测序:扩增肝癌细胞系SMMC-7721并大规模感染,puromycin药筛后,加入索拉非尼合适药物浓度后培养细胞,分别在0天、7天、14天收细胞,提取细胞基因组DNA,纯化后,扩增sg RNA,后续行高通量测序分析sg RNA在3个时间点的变化,筛选与索拉非尼药物敏感相关的候选基因。3、临床样本筛选:应用affymetrix基因芯片对索拉非尼靶向耐药和敏感临床肝细胞癌样本进行表达谱分析,筛选得到肝癌肿瘤组织中差异表达基因。4、通过分析全基因组CRISPR/Cas9筛选得到对索拉非尼刺激相关的具有敲除后增敏作用的关键基因与临床样本基因表达谱芯片筛选的差异表达基因,最后初步得到与索拉非尼靶向耐药作用密切相关的基因:耐药/敏感基因。结果:1、在全基因组范围内共筛选出1723个药敏关键基因,其中加药后第7天分析(Day7 vs Day0)共发现339个具有敲除后增敏作用的关键基因;在加药第14天收集分析(Day14 vs Day0)共发现1438个上述基因。2、索拉非尼耐药和敏感临床肝细胞癌样本affymetrix基因芯片筛选得出1233个差异表达基因,其中上调基因数目为638个,下调基因数目为595个。3、通过全基因组Cas9筛选得到对索拉非尼刺激相关的具有敲除后(Knock-out)增敏作用的关键基因和利用索拉非尼耐药和敏感临床样本affymetrix基因芯片筛选差异表达基因两者交集;在肝癌细胞和组织水平,初步分析得到与耐药/敏感基因潜在相关的49个交集基因:其中包括CTNNB1(β-catenin)、MET(c-Met/HGFR)、HTATIP2等已被报道与索拉非尼耐药有关的基因,另有PRDX3、C10orf11、KCTD3、MAST4等候选基因可能与肝癌对索拉非尼药物靶向耐药潜在相关,其在肝癌中的表达及临床潜在价值,目前文献中未见研究报道,值得进一步深入探讨。结论:我们初步研究发现:CTNNB1(β-catenin)、MET(c-Met/HGFR)、HTATIP2、PRDX3、C10orf11、KCTD3、MAST4等候选基因可能与肝癌对索拉非尼靶向耐药/敏感密切相关,具有潜在的重要临床价值,其中β-catenin、c-Met、HTATIP2等已被报道与肝癌对索拉非尼靶向耐药相关;对该基因在肝癌对索拉非尼靶向耐药中的深入研究可为揭示肝细胞癌对索拉非尼耐药机制、提供有效靶向治疗分子预测指标等具有重要的临床意义。
其他文献
目的:探讨喷洒型医用胶在胃内镜黏膜下剥离术(Endoscopic submucosal dissection,ESD)术后人造溃疡的临床应用,分析喷洒型医用胶对促进人造溃疡愈合、预防或减少ESD术后并发症的有效性、安全性、可行性。方法:回顾性分析2017年7月至2019年03月在海南医学院第二附属医院内镜中心因胃上皮内瘤变(Gastric intraepithelial neoplasia,GIN
背景:作为目前全世界移植数量最多且技术最为成熟的肾脏移植在围手术期已经率先开展高选择性单克隆抗体的无激素术后免疫治疗,但在肝移植领域内,激素可以完全被其他免疫抑制剂取代且接受肝移植的患者中安全有效地使用,很少见报道。目的:通过对肝癌肝移植受者术后应用无激素免疫抑制剂治疗方案,并评估该方案的临床疗效和安全性。方法:总共60例肝癌患者接受肝移植手术,术后对于激素的运用分为实验组及对照组,其中25例采用
目的:利用重组腺相关病毒AAV8-PD1行肝细胞癌治疗并初步探讨其作用机制。方法:利用基因工程将PD1细胞外段基因序列插入腺相关病毒中,构建过表达人PD1可溶性胞外域重组腺相关病毒,建立肝癌模型并通过观察肿瘤体积观察其抗肿瘤作用,并用流式细胞术检测杀伤性T细胞数量,并检测脾脏中记忆T细胞的数量。结果:(1)成功构建表达PD1的重组腺相关病毒。(2)重组腺相关病毒AAV8-PD1治疗后肿瘤体积明显减
目的:探讨活化诱导的胞苷脱氨酶(AID)在正常前列腺、良性增生前列腺和前列腺癌人体组织样本中的表达情况,以及前列腺癌细胞C4-2中的表达情况。AID对前列腺癌细胞C4-2的侵袭、迁移、增殖以及凋亡等生物学行为的影响和机制。方法:应用免疫组织化学染色法和Western-blot方法检测正常前列腺、良性增生前列腺和前列腺癌组织样本及前列腺癌细胞C4-2中AID的表达,应用免疫荧光技术检测E钙粘蛋白(E
建议国家出台推进环卫产业发展的优惠政策,吸引更多社会资本进入"昨天聆听了李克强总理的报告,我感触很深,整篇报告都以人民为中心,是份顺民意暖人心的好报告,我完全赞同这份报告。城市环境与人民健康息息相关。作为‘城市美容师’的环卫工人,在疫情关键时期,有着不可推卸的责任与使命。做好垃圾分类,
期刊
研究背景:恶性胶质瘤是一种具有侵袭性及异质性等特性的颅内原发恶性肿瘤,其发病率大约为5-8/10万(1)。目前所有现行治疗手段均不能很好的改善患者的预后,因此迫切需要寻找新的治疗手段来靶向或者免疫治疗胶质瘤从而使患者获益。近年来肿瘤能量代谢异常越来越受到重视,“Warburg effect”效应也凸显了其在肿瘤十大特征中独道的一面。有氧糖酵解是肿瘤的重要特征,充分的葡萄糖供给是实现肿瘤能量平衡的关
目的:由于目前临床使用的磁共振对比剂多为非靶向性,很难适应个性化精准医疗的发展需求。本研究旨在通过构建一种靶向肿瘤细胞血管内皮生长因子受体-2(Vascular endothelial growth factor receptor-2,VEGFR-2)的磁共振靶向对比剂,对VEGFR-2高表达的肿瘤细胞进行体外靶向性成像,探究靶向对比剂在肿瘤细胞特异性分子成像中的可行性、靶向能力和强化效果,以期为
背景:癌症是全球人类第二大死因,2018年估计有960万人死亡,约六分之一的死亡是由癌症造成的。在全球绝大多数国家,乳腺癌的发病率和死亡率均居女性癌症的首位。2010年癌症经济成本高达1.16万亿美元。骨涎蛋白(Bone sialoprotein,BSP),一个重要骨细胞外基质非胶原糖基化磷蛋白,过表达于许多恶性组织包括乳腺癌、前列腺癌、肺癌、甲状腺癌和黑色素瘤等,参与血管生成和肿瘤细胞粘附、增殖
目的:探讨术前血小板与淋巴细胞比值(PLR)、淋巴细胞与单核细胞比值(LMR)在预测胃癌患者生存预后中的意义。方法:选取2011年1月至2017年12月海南省人民医院胃肠外科收治的112例胃癌患者,回顾性分析其临床资料,通过ROC曲线选取PLR、LMR预测胃癌预后的截点,据此将112例患者分为低PLR组(PLR<152.73)67例、高PL R组(PLR≥152.73)45例,低LMR组(LMR<
目的:本研究通过系统性评价化疗联合EGFR-TKI对比单纯化疗或对比单纯EGFR-TKI治疗晚期NSCLC的疗效,明确化疗联合EGFR-TKI在晚期NSCLC患者中的临床应用价值。方法:根据研究目的,制定关键词及主题词,在中国知网、中国生物医学网、维普数据库、万方数据库、Pub Med、corchane、embase等数据库中检索关于化疗联合EGFR-TKI对比单纯化疗或化疗联合EGFR-TKI对