21世纪随着计算机科学技术不断的发展，计算机科学技术已经在许许多多的科学领域（生物工程，医学可视化手术，仿生技术等）里获得了突破性进展，而不单单在本科学领域绽放光彩。在生物物理学当中有一个重要的课题—蛋白质折叠问题，它是当今尚未突破的重大科学难题。我们现在只知道有哪些DNA能创造出哪些蛋白质，而不清楚这些蛋白质是如何从肽链折叠成具有功能结构的蛋白质的，这个过程被誉为人类的第二遗传密码。为了解决这个问题，世界各地的学者基本都从蛋白质的结构开始，用动力学和热力学的方法去分析，得到了一些可用的实践成果，而没有得到确切的理论依据。而随着计算机的发展，算法设计的不断创新，使得利用计算机运算的高效性，高容量，分布式集成的优势利用算法去验证蛋白质折叠理论，发现理论成为可能。本文所依据的理论来源于南昌大学理学院方毅教授所创造的吉布斯自由能最小化蛋白质折叠理论，这种方法主要是通过计算蛋白质分子的表面积，体积，作用于溶剂分子相关的空隙体积，采用牛顿最速下降法使得蛋白质分子的吉布斯自由能最小，从而改变肽链结构折叠成蛋白质结构，最终验证方教授的理论成果。本系统验证过程借助CONNOLLY软件，通过它描述氨基酸各个原子结构，在通过分子表面，分子体积模块计算，利用折叠旋转模块折叠成蛋白质，最后利用OPENGL图像显示技术呈现结果，达到验证理论的目的。