湿地具有多种生态功能和经济价值，是人类最重要的资源环境之一。微生物在湿地生态系统中有丰富的多样性和巨大的生物量，在提高湿地初级生产力、促进营养元素循环、净化环境污染等方面有着不可替代的生态功能。为了解湿地真菌和细菌多样性及其分布，深入考查地理因素、气候因素和土壤理化性质对湿地中真菌和细菌群落结构和多样性的影响，阐明土壤微生物群落结构和多样性变化的驱动因子，采用传统分离培养方法、分子非培养方法-PCR变性凝胶梯度电泳(polymerase chain reaction denaturing gradientg elelectrophoresis,PCR-DGGE)和生理生化检测等方法对我国湿地中的真菌和细菌群落进行了相关研究。通过对黑龙江、内蒙、北京、新疆、河北、云南、西藏、湖南、江西、四川、广东等16个省份的23个典型湿地底泥样品中的微生物群落结构分析，共分离到真菌菌株1017株，目前通过形态以及分子鉴定为81属177种，其中Penicillium（相对频率16.8％）、Fusarium(15.4％)、Aspergillus(7.6％)、Trichoderma(5.8％)和Talaromyces(4.2％)为优势属;且南方、北方和青藏高原的优势种群分别有明显差异。利用DGGE分析湿地真菌和细菌的群落组成，主成分分析(principal components analysis，PCA)证明地理位置相近的样品聚类在一起，长江流域的样品按照长江上游、中游和下游区聚为三类，同时真菌群落多样性沿长江上游到下游逐渐升高。结合湿地类型、地理因素、气候因素和各种理化性质进行冗余分析(redundancy analysis，RDA)和多元回归树(multivariate regressiontree，MRT)分析，结果显示真菌群落从地理上可分为三个聚类:青藏高原、南方和北方。在大尺度范围(1000～4000km)内，真菌群落主要驱动因素是地理距离（贡献率61.8％），而在本地范围内(＜1000km)的影响因素是湿地土壤理化性质，如全钾(9.4％)和全氮(3.5％)。与真菌群落不同，细菌群落在大尺度范围(1000～4000km)主要影响因素为湿地类型（贡献率35.1％），且不同湿地类型中的细菌群落分别受到不同土壤理化性质的影响。尽管一直以来部分研究认为微生物属于全球性随机分布，而我们的结果则很好地证明了微生物生物地理学分布。