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本文采用磺基异硫氰酸苯酯(SPITC)试剂结合18O标记方法,建立了一种新的能够同步完成定量和从头测序的蛋白质组学研究方法。
本研究首先在标准肽(Fibrinopeptide,MW1570Da)中探讨了标记步骤的不同对于标记稳定性的影响,即先进行SPITC衍生后使用18O标记和先进行18O标记后使用SPITC衍生。研究结果表明标记顺序的不同,对于标记稳定性没有明显影响。标记后肽段的一级图谱采用基质辅助激光解吸电离质谱(MALDI-MS)的负离子(Negative ion)模式进行检测,标记后肽段的二级图谱采用MALDI-TOF/TOF的LIFT模式进行检测。通过比较未经标记的标准肽和双标后的标准肽二级图谱,结果显示标记后图谱的碎片峰更为单一,便于图谱解析。
本文中使用的基质2,4,6-三羟基苯乙酮和柠檬酸氢二铵(THAP/DAC)比在MALDI中的常用基质α-氰基-4-羟基肉桂酸(CHCA)更能提高磺化后肽段的响应度,利于进行相关肽段对的定量评估。
本研究分别在一种标准肽和一种标准蛋白中对该方法进行了定量线性相关性地评估。在标准蛋白中,选取以下三个目的肽段,其分子量(负离子模式下)分别为:925Da(完成双标后的肽段对分子量为1140Da/1144Da),1477Da(完成双标后的肽段对分子量为1692Da/1696Da),1565Da,(完成双标后的肽段对分子量为1780Da/1784Da)。定量结果表明,在标准肽中,从0.1到10的动态范围之间的定量线性相关性良好,R2值为0.998;在标准蛋白中,10倍动态范围内的定量线性相关性亦均表现为良好,R2值均大于0.9。
基于在标准样品中取得良好的结果,本研究将该方法在基因组未知的蜘蛛毒素样品中进行了应用,不仅三种蜘蛛毒素的序列测定及定量结果准确,而且还获得了毒素样品中含有的未知蛋白/肽段的序列及定量信息。
综上所述,本研究所采用的试剂均方便易得,价格低廉,无需做进一步处理即可使用,避免了常用途径中,以合成特定的同位素试剂来完成蛋白质同步定性和定量的麻烦。因此,本方法以其简便、廉价的优点而具有广泛的实际可行性。