随着知识经济的到来，国际竞争日益体现在高科技和创新的竞争上。各个国家和地区为了增强自己的竞争力，都不断地建立和完善国家创新体系和地区创新体系。高校作为国家创新体系中的重要组成部分，在培养创新人才和社会服务方面担负着重要的使命，其科学技术能力在促进区域经济发展中也起着越来越重要的作用。本文在一些相关研究的基础上，对高校科学技术能力的定义进行了界定，并将高校科学技术能力分为4个组成部分，分别是高校科学技术研究的投入能力、高校科学技术研究的产出能力、高校科学技术研究的成果转化能力和高校科学技术研究的基础环境能力。以科学技术能力理论、经济增长理论和区域经济学理论作为理论分析的基础，探讨了高校科学技术能力对区域经济发展的作用机理，并选取了东部地区的9个省市和当地15所有研究生院的大学作为研究对象，在上述4个能力的基础上建立了两套高校科学技术能力的评价指标体系，通过主成分分析法和相关分析法，分别从宏观和微观的角度实证地分析了高校科学技术能力与区域经济发展的密切关系。最后，通过评价和分析各地区高校科学技术研究的优势与劣势，从而为高校的科学技术能力建设提出建议与对策：加大政府对高校科研的支持力度；加强高校科技人力资源的培养和管理；加强学科建设，培育一流水平的学科；激发技术发明，强化原始性创新；孵化校办高技术企业，加快高校科技成果的转化，促进国家创新体系的建设，推动地区甚至是国家的经济良性发展。