DNA计算自组装模型是一种DNA计算方式,它具有高度的并行性和自治性、海量的存储能力和编码的灵活性。本文正是利用DNA计算自组装模型的这些特性,解决二部图完美匹配问题和排课表问题。本文首先介绍了DNA自组装计算,并对DNA计算自组装数学模型进行了详细的定义。然后针对二部图完美匹配问题和排课表问题给出了基于DNA计算自组装模型的算法。在解决二部图完美匹配问题时,本文提出了二部图完美匹配自组装系统,该系统根据二部图完美匹配的定义,将二部图中结点间的邻接关系映射到DNA Tile的结合域上,设计编码该系统所需的DNA Tile。结果表明系统用了14种Tile类型,2Θ(n)个Tile在线性时间内能够得到二部图完美匹配问题的最优解空间。对于排课表问题,本文针对目前多数大学采用的传统的排课方式不能完全满足所有学生的选课需求的缺点,提出了一种大学课程表问题,其目标是用最少的课时数安排一个满足所有学生的选课需求的课程表。并给出了相应的DNA自组装计算模型算法,算法给出了一个大学课程表自组装系统,该系统由三个子系统构成,分别是初始课程解空间生成系统、初始课程解空间检测系统和课时统计系统。另外,本文利用生物芯片技术设计微缩实验室提取最优解空间。大学课程表自组装系统能够用36种Tile类型,2Θ(n)个Tile在线性时间内得到大学课程表问题的最优解空间。最后,本文对二部图完美匹配及大学课程表的DNA自组装算法进行了总结,并提出了本文的不足之处。