番茄(Solanum lycopersicum)是一种市场上普遍存在的果蔬植物,由于番茄的果实和果皮中营养丰富同时还富含多种维生素,因此其在市场上受到大家深深的喜爱。番茄可简单分为普通大果型番茄和樱桃番茄,这两个番茄品种在果形,大小,重量以及质地等外观品质上存在明显的差异,重要的是它们在风味品质和营养成分上也不相同。据报道,樱桃番茄比普通大果番茄具有更高的糖酸含量、谷氨酸含量以及挥发性有机化合物的含量。因此,樱桃番茄比普通番茄有更好的风味,从而更受消费者青睐。造成两种番茄口感差别的主要原因之一很可能是由于其果实中风味相关基因的差异性表达。之前对于番茄的研究主要是利用生物化学分析等方法进行研究,少有通过转录组学的方法对这两个品种的番茄进行分析比较。随着番茄全基因组测序工作的完成,大家开始对番茄各个组织的抗性机制进行研究,如抗低温机制,耐盐性机制等抗逆性的研究,但从转录水平上解析番茄的不同组织以及番茄果实成熟过程基因表达变化情况的研究较少。而这部分基因表达的信息对于研究番茄遗传进化的分子机制以及番茄品种的进一步改良具有重要指导意义。因此,我们通过转录组层面解析差异基因表达变化深入挖掘与番茄风味品质和营养品质相关的基因,帮助我们实现对番茄品种的进一步优化改良。在这里,们选择了红色樱桃番茄“埃利特诺”和红色大果番茄“佳丽-14”为研究对象,利用转录组学技术,对两个不同品种的根,茎,叶,花,幼果,中果以及熟果各组织进行转录组学的分析、比较和研究。解析了两个品种的各组织间的基因表达模式,研究了两个品种各组织的特异性基因和保守性基因。进一步,通过同一品种不同时期果实差异基因的比较分析,解析了番茄果实成熟过程中的影响风味品质和营养品质的关键信号通路和基因。接着,利用不同品种相同时期果实的差异基因比较分析,解析了红色樱桃番茄和红色大果番茄在风味品质和营养品质差异的分子基础。最后,利用RT-qPCR技术对所筛选的部分与风味(主要是谷氨酸)相关的基因进行了验证。