税收是国家治理的基础和重要物质来源。建立现代税收征管体系,一方面,可以高税收征管的效率,有效保障国家财政收入;另一方面,也能强化税收征管,对企业发挥外部“治理效应”,高企业的生产经营效率。目前,我国正处于升增长动力、优化经济结构和转变发展模式的攻关期,经济增长方式已由投入型向效率型转变。制造业作为国民经济发展的重要支柱和关键产业,同样亟须转变发展模式,高全要素生产率。以大数据技术为载体的“金税三期”工程作为建立现代化税收征管的重要标志,充分强化了税收监管,有效地整合了税收信息资源,改善了市场环境,高了企业生产经营效率。因此,本文将“金税三期”工程与制造业企业全要素生产率纳入同一框架进行分析,系统地研究现代化税收征管与制造业企业全要素生产率之间的内在逻辑,结论对深化税收征管体制改革,优化纳税服务,高制造业企业生产经营效率具有重要的参考意义。本文首先通过对既有文献的动态回顾,厘清学术界在税收征管和企业全要素生产率方面的研究成果,奠定文章的理论基础。其次,基于交易成本理论和税收治理理论,分析“金税三期”工程与企业全要素生产率中间的内在逻辑:一方面,“金税三期”工程能够发挥“治理效应”和“桥梁效应”,直接高企业信息透明度,降低企业代理成本,优化营商环境,并产生“催化剂”效应,促进企业税收遵从,缓解企业融资约束,间接高企业全要素生产率;另一方面,短期内,由于企业税负高,净现金流的减少,也会抑制研发投入,产生“征税效应”,不利于企业技术进步,从而降低企业全要素生产率。再次,基于Wind数据库、国泰安数据库、国家统计局以及《中国税务稽查年鉴》,本文选择2011～2017年A股非ST、非金融的上市制造业企业为样本,利用多期双重差分法（DID）实证考察现代化税收征管对制造业企业全要素生产率的具体影响及作用机制。基准回归表明:“金税三期”工程显著高了制造业企业全要素生产率,相比“金税三期”工程未实施地区的制造业企业,受“金税三期”工程实施影响的制造业企业,其企业全要素生产率高0.0387个单位。稳健性检验发现,基于“强征管+降税率—全要素生产率高”的逻辑链条,现代化税收征管作为实现税收治理现代化重要举措,将与税制结构优化共同发力高制造业企业全要素生产率。通过进行机制检验发现,“金税三期”工程能够发挥“治理效应”和“桥梁效应”,直接高信息透明度,降低代理成本,产生“催化剂”效果,促进企业税收遵从,缓解企业融资约束;但短期来看,有可能产生“税负高—经营活动净现金流减少—研发投入降低”的连锁反应,抑制技术进步,进而会降低制造业企业全要素生产率。进一步,本文又分别从征管机构、税务分析能力、盈余管理、投资效率、产权性质及生命周期六个视角进行了异质性检验,并就企业规模和企业年龄进行了“金税三期”工程的政策边际效应分析以及企业全要素生产率禀赋水平差异导致的“金税三期”工程政策效果差异检验,力图全面分析现代化税收征管对制造业企业全要素生产率的影响。结果表明:就征管机构而言,“金税三期”工程的实施对于受原地税管理的制造业企业更加显著;就税务分析能力方面,“金税三期”工程能显著高税务工作人员涉税分析能力;盈余管理及投资效率方面,对于基于盈余管理目标可能寻求税收规避的制造业企业以及投资效率较低的制造业企业,“金税三期”工程高制造业企业全要素生产率作用更加有效;产权方面,相比于国有制造业企业,“金税三期”工程对信息掌握更不充分、逃税动机更强的非国有制造业企业影响更为明显;对于不同生命周期而言,相较于处于成熟期的制造业企业,“金税三期”工程能够更加显著的升处于初创期和衰退期的制造业企业的全要素生产率。此外,“金税三期”工程高制造业企业全要素生产率也会随着企业规模、企业年龄的增大呈现政策边际效应递减以及企业全要素生产率初始禀赋水平增大的政策效果递增规律。最后,文章结合我国税收征管情况,分别从政府和企业层面出相关政策建议,包括:优化现代化税收征管体系,更好的发挥“治理效应”;持续推进减税降费政策,高企业全要素生产率,赋能企业高质量发展;政府企业“两端”携手共建,规范企业经营活动。