基于生物信息学分析与实验探究GINS1基因在结直肠癌中的作用

来源 :南昌大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zooton2009
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
研究背景和目的:结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是当今全球范围内致死率极高的恶性肿瘤之一[1]。当前,包括肥胖,吸烟习惯和缺乏体育锻炼在内的许多风险因素都增加了结直肠癌患病的几率以及风险性[2]。随着外科技术的发展,外科治疗对于早期的CRC患者已取得很大的进展。然而,尽管发展了诸如腹腔镜手术,放射疗法,姑息性化学疗法和免疫疗法之类的疗法,但对于晚期CRC癌患者的疗效仍不理想[3]。因此,结直肠癌相关的靶向标志物的确定将对结直肠癌患者早期诊断以及改善结直肠癌患者的预后做出巨大贡献。目前,已鉴定出用于大肠癌的早期诊断的几种生物标志物,但大肠癌患者的临床结局和预后依然很差[4]。因此,本文旨在通过生信分析的方式挖掘出与CRC进展相关的分子标志物。为了增加结果的可靠性,筛选出的结果还需经过分子实验进行进一步验证。生物信息学分析已经成为癌症的重要研究方法,它可以揭示结直肠癌的病因和发病机制以及监测疾病进展相关的新型生物标志物[5,6]。先前研究人员通过生物信息学工具将TIMP1,SERPINE1,CCND1,COL1A2和SST鉴定为结直肠癌的预后标志物[7]。生物信息学分析显示Circ DDX17在大肠癌中失调,作者通过后续实验验证其在大肠癌中起着抑癌作用[8]。本文研究的目的是挖掘结直肠癌早期诊断的潜在生物标志物,并通过后续分子实验对数据挖掘的结果进行进一步验证。结果显示本文筛选出的GINS1基因与CRC的进展相关。方法:1、数据挖掘。下载GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)[9]中GSE24514数据集和GSE110223数据集中CRC患者的转录组数据。并通过R(limma软件包)[10]分析得出在CRC中的差异表达基因。通过DAVID数据库[11]对结直肠癌中的差异表达基因进行功能富集分析。接着,使用STRING[12]构建了差异表达基因的蛋白互作网络(PPI)并使用Cytoscape软件[13]进行可视化分析。接着,借助Cytoscope中的MCODE插件[14]检测PPI网络中作用密集的区域。2、通过GEPIA[15]在线分析平台分析GINS1在33种常见癌症中的表达情况以及预后价值。通过STRING数据库挖掘出与GINS1紧密联系的10个基因。通过c Bioportal[16]数据库分析GINS1在结直肠癌中的基因组学变化。3、实验验证分析GINS1在CRC中的表达水平。收集我院76例CRC患者的癌症组织和癌旁组织的手术标本,通过免疫组织化学、Western blot、实时荧光定量PCR技术检测GINS1在癌症组织与癌旁组织的蛋白以及m RNA表达水平。同时,通过蛋白质印迹分析检测GINS1在CRC细胞系SW480,HCT116,HT29,Lo Vo细胞和正常结直肠细胞系NCM460细胞系中的表达水平。4、验证GINS1表达水平对结直肠癌细胞增殖的影响。通过Lipofectamine3000对SW480以及HCT116细胞系进行转染,构建高表达以及低表达GINS1的结直肠癌细胞。使用CCK-8以及平板克隆形成实验测定经过不同处理的结直肠癌细胞的增殖能力。5、验证GINS1表达水平对结直肠癌细胞侵袭、迁移的影响。通过Transwell实验对比经过不同处理的结直肠癌细胞的侵袭、迁移能力。结果:1、在GSE24514数据集里,有788个差异表达基因。在GSE110223数据集里,有604个差异表达基因。有389个基因同时在这两个数据集中差异表达。DAVID数据库的结果显示这389个基因主要对细胞周期以及细胞增殖有影响。这389个基因中,GINS1,TPX2,CDK1,TOP2A,KPNA2,PRC1,UBE2C,ASPM,RRM2,FOXM1,CEP55,CKAP2,MCM7,RFC3和CCNB1关系尤为紧密。2、GEPIA的结果显示,GINS1在包括结肠腺癌和直肠腺癌在内的20种癌症类型中过表达。同时,GINS1的过表达与几种癌症患者的的不良预后密切相关。STRING数据库结果显示GINS1与GINS2,GINS3,GINS4,MCM2,MCM3,MCM4,MCM5,MCM6,MCM7和CDC45关系最为紧密。先前的报道发现这些基因形成了CMG(CDC45–MCM–GINS)复合物,这是真核染色体复制的核心,缺少任何这些成分都会影响真核染色体复制[17]。c Bioportal数据库结果显示GINS1在CRC中基因组学的改变率达到20%。最常见的突变类型为m RNA表达水平增高。3、免疫组织化学、蛋白质印迹分析、实时荧光定量PCR技术检测结果显示GINS1在结直肠癌中的m RNA以及蛋白表达水平均高于癌旁正常组织。GINS1表达在HCT116和SW480细胞系中最高。4、CCK-8以及平板克隆形成实验的结果显示GINS1低表达抑制结直肠癌细胞的增殖;GINS1的过表达可促进结直肠癌细胞的增殖能力。5、Transwell实验结果显示GINS1低表达抑制结直肠癌细胞的侵袭、迁移;GINS1的过表达可促进结直肠癌细胞的侵袭、迁移能力。结论:生物信息学的筛选和分子实验证明了GINS1在结直肠癌中高表达,并且GINS1的过表达与结直肠癌细胞的增殖,侵袭和迁移有关。因此,GINS1可被视为结直肠癌的诊断标志物。
其他文献
学位
一、鲁迅对增田涉的单独授课与笔记增田涉(1903—1977)1929年毕业于东京大学文学部中文系,曾活跃于中国古典文学研究、鲁迅研究及鲁迅作品翻译领域。历任旧制松江高等学校(现岛根大学)、大阪市立大学及关西大学教授。增田涉逝世后,得到其遗属们的深切理解,藏书全部委托关西大学管理,关西大学图书馆特地建立拥有约15000册藏书的
会议
研究目的:检测生物钟核受体REV-ERBα与脂质代谢相关蛋白SCD1在头颈鳞状细胞癌(HNSCC)组织、头颈鳞状上皮组织中的表达,并分析REV-ERBα、SCD1蛋白的表达与HNSCC患者临床病理学特征之间的关系,从而探究REV-ERBα是否通过调节HNSCC的脂质代谢影响肿瘤进展。方法:收集50例HNSCC组织和47例头颈鳞状上皮的石蜡包埋标本,采用免疫组织化学染色(IHC)检测HNSCC组织与
学位
学位
目的:本研究旨在建立一个能准确预测特发性突发性耳聋(idiopathic sudden sensorineural hearing loss,ISSNHL)预后的诺模图,并为临床治疗方案的选择提供参考。方法:回顾性分析2014年9月—2020年11月我科收治入院且病例资料完整的ISSNHL患者的临床资料,通过单因素Logistic回归分析性别、耳鸣、眩晕、高血压、年龄、侧别、糖尿病、血小板、总胆固
背景与目的:我国是胃癌高发国及幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)的高感染地区,全球每年胃癌的新发和死亡病例40%以上发生在中国,胃癌的高发与Hp感染密切相关(我国Hp感染率高达55.8%)。早在1994年,Hp已被WHO列为I类致癌因子,且是预防胃癌发生的最重要的可控因素。Hp感染可通过诱导胃黏膜炎症反应、促进DNA损伤、修复失衡及改变胃内微生态结构等过程促进胃黏膜癌变。但
背景:上皮性卵巢癌是女性生殖系统危害性最强的原发性恶性肿瘤,占女性肿瘤死亡患者的百分之五。癌症和许多其他疾病的根本原因是DNA突变和基因组完整性的丧失。机体DNA受到内、外因素的诱导可持续发生损伤,受损的遗传物质若得不到及时有效的修复,将导致细胞恶性转化。目前认为,DNA修复蛋白的功能紊乱与肿瘤发生密切相关,但具体机制有待进一步研究。本研究通过整合多个数据库中卵巢癌相关数据集,探讨RAD51AP1
学位
目的:通过分析重度及以上烧伤患儿休克期补液成分、补液总量及临床疗效,探讨不同年龄烧伤患儿休克期液体复苏策略,进一步提高大面积烧伤患儿休克期液体复苏效果及改善预后。方法:对江西烧伤中心2015年1月1日~2020年6月30日收治的235例重度烧伤患儿临床资料行回顾性分析,入院后行液体复苏治疗,录入患儿一般情况,根据患儿年龄(0~2岁、3~6岁、7~12岁)、烧伤面积(15~25%TBSA、>25%T