本文所说的“吴门医派”,是明清时期以吴中温病学派为主,兼及师承吴医名家的江南中医流派。吴门医派主要特征是名医众多,疗效显著,著作丰硕,生命哲学和生命科学理论先进。吴门医派对传统中医经典理论进行发挥,并结合明清之际传入的西方生命科学,再次寻求生命本源,提出了“先后天本源论”、“元质元神论”、“血气关系论”、“卫气营血论”、“生命体质论”等生命学说,从而构建出一个完备的生命本源论及生命发展论体系。薛己在“肾为先天之本”的基础上,提出人以胃气为后天之本,脾胃为人身根蒂的之论。缪希雍在论证了“气”、“血”之间及“血气”与神、津、液、精之间相互生成,相互转化的过程,重点研究脾胃构造论,提出脾胃为后天元气之根本说。王宏翰提出了元神元质说、命门胎生说等新的生命本源论。叶天士提出了“卫气营血辩证法”,论证了后天之气可以补助先天元气,对内伤杂病治疗提出脾胃分治论。徐大椿著《元气存亡论》,指出先天元气是生命之根,完善了中医气化生命学说。吴门医派提出了人体“体质”、“体质差异”和“体质病变”等概念,认为体质就是人体先天禀赋和后天营养的综合特性,在生理表现上,不同个体具有特殊性,且随着生命过程不断变化。吴门医派身心观即身体观与心理观合称,主要回答“身体”是什么,“心理”是什么,“身体”与“心理”的关系如何等问题。在吸收西方近代生命科学基础上,在身心神情意关系上提出了“心神为体,脑神为用”的命题。同时在身体骨骼结构论研究中做出了重要贡献,对髓理论研究也取得重要进展,为后世脑髓学说的兴起奠定了基础。吴门医派探讨经络理论,将络病理论用于温热病治疗,提出经络三焦论。吴门医派秉持动静结合、药食同源等中医养生理论,在动养、静养、药膳、食疗与生态养生等方面,形成了富有江南区域特色的,修与养兼备的新养生论。吴门医派提出“五脏次第衰老论”和“迫生顺死论”,在死亡定义上注重人的精神特征和社会特征,强调远死而近生、向死而生等新死亡观,认为尊重死者抚慰生者是对生命的真正尊重。