杜文秀起义作为晚清云南历史上一次非常重大的历史事件，其背后有着深刻的社会背景。从大时代来看，当时的清政府面临严重的内忧外患，国力衰弱，各种社会矛盾激化，由治世走向乱世，处于社会大变革前夕的最后半个多世纪；从民族背景来看，明代以来的大量汉族移民入滇，打破了云南“夷多汉少”的格局，与各少数民族为了资源和权益的分配有着不同形式的矛盾冲突。而回族的历史文化决定了在与汉族相处中形成一个和争相伴的局面；经济上，晚清云南面临着尖锐的人地矛盾，粮食危机日益严重，而清政府对人民的压榨未曾放松，人民的负担日重一日，抗粮抗租的反抗运动时有发生。同时，工矿业的衰落也使得回汉人民围绕矿利的争夺积累了复杂的矛盾；政治上，清政府的吏治严重腐败，社会治安趋于崩溃，清廷对回族的不平等政策以及地方政府对回族的打压也迫使回族走上联合各族人民武装反清的道路。而杜文秀个人也具有领导者的才能，以及求同存异的民族观，使得以回族为主，联合各族群众的反清大起义爆发。