本文在分析国内外DNA相似性比对算法研究的基础之上,重点分析基于希尔伯特空间建模方式,全文主要以数学论证和代码实现为主,并阐述了新型DNA序列建模的假设和分组扩展模型比对算法,对其准确性和可行性给予了相应论证。主要研究内容包括以下几点：(1)讨论传统DNA分子的双序列和多序列比对算法,从最基础的建模方式入手,和对生物信息学中著名的BlastT和FASTA动态算法求解方式剖析,研究类似问题难以突破的瓶颈和理论难点所在。其中,渐进比对方式和迭代比对方式作为重点,描述这两种方式的距离矩阵和图谱分析,从而论证建模复杂之难和降低复杂性的迫切性。(2)引入新型建模方式,详细研究欧式距离和马氏距离数学理论对DNA序列建模的支持,强调了基于希尔伯特空间向量建模的方法和这种新类型建模的详细内容与优缺点。(3)提出DNA分子建模假设,采用向量内积为基础的新型算法,首先从所有结点中累计不同类型的核糖核苷酸数目,详细分析此基础的生物化学支撑点,再从四维空间向量运算中阐述其数理的成熟,并论断新型比对算法的可行性与准确性。