结核分枝杆菌德拉马尼耐药相关基因突变的研究

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目的:了解治疗耐多药结核病新药德拉马尼对结核分枝杆菌相关耐药基因突变以及与体外药敏表型的相关性,为德拉马尼治疗耐多药结核病提供实验室数据。方法:收集2017年2018年本院肺结核患者临床痰标本进行抗酸染色、结核分枝杆菌培养获得结核分枝杆菌临床分离菌株,利用CTAB法提取菌株DNA,进行PCR验证确定为结核分枝杆菌后,进行全基因组测序,对德拉马尼耐药相关基因ddn、fgd1、fbiA、fbiB和fbiC进行分析,与结核分枝杆菌标准菌株H37Rv序列进行比对,分析耐药相关基因突变位点;应用液体法将痰培养阳性的结核分枝杆菌临床分离株进行德拉马尼表型药敏试验及MIC测定,以及比例法进行抗结核一线和二线药的表型药物敏感试验;分析对比德拉马尼耐药相关基因突变与药敏表型的关系,以及德拉马尼与利福平耐药相关性。结果:本研究共获得124例结核分枝杆菌临床分离株,利用CTAB法提取DNA进行全基因组测序,成功获得123例全基因组测序数据,德拉马尼5个耐药相关基因ddn、fgd1、fbiA、fbiB和fbiC在123例结核分枝杆菌临床分离株中共发现10个非同义突变位点,具体如下:ddn共出现3个非同义突变点,分别为G158A(Gly53Asp)、C160T(Arg54Cys)和G421A(Asp141Asn),突变率为2.4%(3/123);fgd1出现1个同义突变点T960C(Phe320Phe);fbiA共出现5个突变点,其中突变点G595A(Ala199Thr)、G616A(Ala206Thr)、C584G(Ala195Gly)为非同义突变,C337T(Leu113Leu)和G315A(Gly105Gly)为同义突变,非同义突变率为3.3%(4/123);fbiB出现1个非同义突变位点C997T(Arg333Cys),突变率为1.6%(2/123);fbiC共出现5个突变点,其中突变点C1571G(Ala524Gly)、A1711G(Lys571Glu)和T1640C(Val547Ala)为非同义突变,C2427G(Gly809Gly)和G630C(Ser210Ser)为同义突变,非同义突变率为4.9%(6/123)。进行德拉马尼表型药物敏感试验(液体法)及MIC测定,浓度范围为0.0021.024μg/ml,MIC50为0.064μg/ml,MIC90为0.512μg/ml,H37Rv的MIC为0.016μg/ml和0.008μg/ml。6例结核分枝杆菌临床分离株德拉马尼MIC>1.024μg/ml,其中2例出现fgd1-T960C(Phe320Phe)突变,1例出现fbiA-C337T(Leu113Leu)和fbiA-G315A(Gly105Gly)突变,1例出现fbiC-C1571G(Ala524Gly)和fbiC-C2427G(Gly809Gly)突变,1例出现fbiC-C1571G(Ala524Gly)突变,1例出现fbiA-C337T(Leu113Leu)和fgd1-T960C(Phe320Phe)突变。德拉马尼MIC为0.0041.024μg/ml的69例菌株中,存在fbiA-G616A(Ala206Thr)和fbiA-C584G(Ala195Gly)突变的菌株MIC为0.512μg/ml,存在fbiC-T1640C(Val547Ala)的MIC为0.256μg/ml;50%(3/6)的德拉马尼耐药菌株和59.4%(41/69)的德拉马尼敏感菌株中均存在fgd1-T960C(Phe320Phe),存在ddn-G158A(Gly53Asp)和C160T(Arg54Cys)突变的菌株德拉马尼的MIC均为0.004μg/ml;存在fbiB-C997T(Arg333Cys)的菌株德拉马尼MIC值为0.008μg/ml。进行抗结核一、二线药物敏感试验(固体比例法)后获得利福平耐药菌株52例(单耐利福平2例,多耐药2例,耐多药44例,广泛耐药4例),利福平敏感菌株72例(全敏感68例,多耐药4例)。另外在利福平耐药菌株中,德拉马尼耐药率(MIC>1.024μg/ml)为15%(5/33),在利福平敏感菌株中,德拉马尼耐药率为2.4%(1/42)。结论:本研究成功获得123例结核分枝杆菌临床分离株的全基因组测序结果,在德拉马尼5个耐药相关基因ddn,fgd1,fbiA,fbiB及fbiC中发现10个非同义突变位点,其中fbiA-C584G(Ala195Gly)、fbiA-G616A(Ala206Thr)、fbiC-C1571G(Ala524Gly)和fbiC-T1640C(Val547Ala)可能与德拉马尼耐药相关,fbiB-C997T(Arg333Cys)、ddn-G158A(Gly53Asp)和ddn-C160T(Arg54Cys)未明显导致德拉马尼MIC升高,与德拉马尼耐药关系尚不明确。本研究发现ddn基因的G421A、G158A和C160T突变,fbiA基因的G616A、G595A和C584G突变,fbiB基因的C997T突变,以及fbiC基因的C1571G、T1640C和A1711G突变目前未见报道,其意义有待进一步研究。此外,利福平表型耐药与德拉马尼表型耐药无明显相关性。
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