当前，我国高新区的发展主要依靠土地、资金等要素驱动，更多依靠各种优惠政策，忽略了技术创新等因素对经济增长的重要作用。园区内企业的创新能力普遍偏低，缺少具有自主知识产权的核心技术，产学研运转不够顺畅，对引进技术的消化吸收重视不足，高素质人才匮乏等现象，面对这些不足，为了能使我国高新区在变化莫测的环境中保持持续竞争优势，发挥增长极的辐射作用，推动国民经济持续快速发展，亟需对其运行效率进行全面深入研究。　　 本文首先采用数据包络分析方法(DEA)选取了54个国家级高新区为样本对2010年我国高新区的运行效率进行了研究，研究结论表明:54个高新区的综合效率平均值为0.886，整个评价系统约有12％的投入资源没能达到最有效率的产出量;50％的高新区综合效率介于0.816与1之间。54个高新区的纯技术效率平均值较高，达到0.991，数据分散度小，分布较集中，说明整个评价系统纯技术效率较高。54个高新区规模效率的平均值为0.892，整个评价系统有25％的高新区规模效率介于0.705-0.827之间，50％的介于0.827-1之间。综合效率、纯技术效率均达到DEA有效的有北京、天津、长春、上海等15个高新区:在剩下的39个高新区中，除广州规模报酬递减外，其它各高新区均处于规模报酬递增状态。综合效率不为1，没有达到DEA有效，但纯技术效率为DEA有效的有威海、中山、襄樊等17个高新区，其余的高新区两者均未达到DEA有效。　　 接着采用Tobit回归模型对影响高新区运行效率的因素进行了分析，发现与高新区综合效率显著正相关的解释变量包括技术创新能力、政府驱动、市场需求，不显著正相关的是人才资源。最后基于以上实证分析，提出了几点提高我国高新区运行效率的建议。