小麦品种产量性状的GWAS分析

来源 :山东农业大学 | 被引量 : 8次 | 上传用户:adiwang
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小麦(Triticum aestivum L.)是我国第三大粮食作物,也是世界最重要的粮食作物。小麦的产量直接影响着我国的粮食安全。培育高产小麦品种是当前小麦育种的基本任务。本研究以107个黄淮麦区的近期育成的小麦品种(系)为材料,进行了2个地点的地田间试验;结合90 K SNP芯片数据,进行小麦产量性状的全基因组关联分析,发掘重要性状的QTL及其分子标记,为小麦分子标记辅助育种及基因克隆提供参考。主要结果如下:(1)表型变异分析表明,在含平均数(AV)内的3个环境下,9个性状存在广泛变异,变异系数最大的顶部不育小穗数(TSSS),为248%;最小的为在AV环境下的小穗数(TSS),为7.35%。遗传力最大的是穗长(74.41%),遗传力最小的是产量(53.43%);方差分析表明,9个产量性状基因型间差异、环境间差异均达显著水平,表明基因型和环境对性状变异均有显著影响。(2)利用小麦90K SNP芯片对包括107个品种(系)进行扫描,去除最小等位基因频率(MAF)小于5%,缺失率大于15%的SNP位点,剩余7090个SNP,84.82%(6014/7090)SNP在遗传图谱上有位置信息,分布在21条染色体上。每条染色体分布的标记数量为23(4D)551(5B)个。A、B、D亚基因组的LD衰减距离分别是7.1cM、7.1 cM、27.1 cM,全基因组的LD衰减距离分是13.5 cM。107个品种可以分为两个亚群,分别包括29个和78个小麦品种(系)。(3)通过全基因组关联分析,共检测到115个SNP与小麦产量相关性状显著关联,99个SNP有遗传位置信息,分布在16条染色体(1A、1B、1D、2A、2B、3A、3B、4A、4B、5A、5B、6A、6B、7A、7B、7D)的111个位点,可解释表型变异的10.04-17.89%,其中16个SNP没有遗传位置信息。共检测到65个QTL,在染色体5A上最多,单一QTL解释表性变异的10.04%15.85%,其中基部不育小穗数(BSSS)、可育小穗数(FSS)、每穗粒数(GNS)、产量(GY)、株高(PH)、穗长(SL)、每平方米穗数(SN)、每穗小穗数(TSS)、顶部不育小穗数(TSSS)分别检测到7、6、6、7、4、11、9、7、9个QTL。(4)有4个SNP同时与两个或两个以上性状显著关联,形成了4个QTL簇。染色体1A 38.1 cM处的SNP Excaliburc105151200、2A 47.2 cM处的SNP BS0011106951、4A 92.2 cM处的SNP Excaliburc106963390、5A 76.8 cM cM处的SNP Exc217381175均与可育小穗数、总小穗数显著关联,分别可解释表型变异的11.8212.72%、12.4415.00%、12.4913.88%、10.9812.65%。
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